首先，我国尚没有《财政法》、《计划法》等部门法。这使得各部门的职责分工不够清晰明确，其职责的范围与界限模糊，容易在实际调控过程中造成管辖冲突或相互推诿。三大部门看似各司其职，但在很多具体事务上其权限有待进一步划分。例如，国债对财政和央行都有重要影响。其作为弥补财政收支缺口的重要来源，国债会直接制约财政的运行；而国债作为调整货币供应关系的一个重要工具，对货币市场和资本市场都有重要影响。而长期以来，在国债问题上，财政部和央行基本上各自为政，缺乏互通，致使国债发行成本居高不下。
同样由于没有相应的部门法的规范，各部门的权限大小不明确。在主要行使宏观调控权的三大部门中，发改委行使的主要是宏观调控法律手段中的计划和产业政策手段，也就是说，发改委担当的应该是“龙头”的角色。这意味着发改委应该具有比央行、财政部更高的权限，央行和财政部应当通过自身部门的优势，运用各自具有的宏观调控法律手段来配合和执行发改委所制定的国民经济和社会发展的年度计划和产业政策。然而现实中，央行和财政部与发改委的行政层级相同，就这削弱了发改委制定的计划和产业政策的被执行效力，有损调控的绩效性。
其次，缺少综合协调各宏观调控部门的机构。造成上述三大行使宏观调控权的部门在职权上相互推诿或管辖冲突的原因，一则是没有相应的部门法规范而导致的各部门权限大小不明确；二则是我国缺少一个综合协调各宏观调控部分的机构。这一机构的缺失使得各部门间缺少向心力，由于没有集中的管理和审批机制的部署，使得各部门无法统一步伐，难以合力调控。
再次，运行程序的缺失是我国宏观调控综合协调制度不完善的一大表现。没有具体的运行程序使得各部门协调在完成同一调控目标时，主管部门和配合部门没有明晰的沟通渠道和解决方案。由此造成的部门沟通不畅，不仅体现在不必要的人力资源的浪费，更多的时间上的无谓消耗，而这将会使宏观调控从实质性和时效性上都大打折扣。
第四，宏观调控手段综合协调的监督和制约机制的空白。虽然财政部主要职能的第十一项和央行的第三项有关于监督的规定，但其所谓的监督只是对其部门职能范围中很小的一部门所做的监督，而这对于整个宏观调控法律手段综合协调的监督和制约机制来讲，根本是杯水车薪。宏观调控必须有宪法和法律的授权，而宏观调控权应当依法行使，建立监督和制约机制是极其必要的。它有利于各部门更有效更投入的行使其宏观调控权，也有利于宏观调控目标的完成。此外建立宏观调控综合协调的监督和制约机制有利于明确责任分担、承担法律责任，能够从实质上和形式上完善宏观调控法的体系。
