承担责任的主体上的迷误。在承担责任的主体上，《追究办法》只规定了对违法审判的个人进行追究，这就意味着，承担责任的主体只能是作出违法审判行为的法官个人。但在贯彻错案追究制的实践中，大多数法院不仅追究判错案的法官，而且还追究法官所在的庭、室。某法官一旦被追究责任，其所在庭、室的年度目标管理考核要扣分，并取消评优资格，有的还要受到经济处罚。法官所在的法院甚至也会受到影响，在上级法院开展的人民满意的法院评比活动中，错案记录较多的法院在评优中显然处于不利地位。这种连带追究法官所在集体的做法，不仅违反了《追究办法》第4条所规定的责任自负的原则，有悖于错案追究制度旨在强化法官个人责任的目的，而且还损害了其他法官的合法权益。
二、错案追究制运行中的负效应
错案追究制在实际运行过程中，由于自身的缺陷以及各地法院在理解运用时产生的一些迷误，给审判实践带来诸多弊端，极大地制约着它的设计功能的发挥，并对该项制度原有的积极意义起消解作用。这些弊端主要有：
（一）严重挫伤法官办案的积极性，导致一线审判岗位的人才流失
由于案件事实、法律规范等的不确定性和法官个人认识上的差异，下级法院判决的案件被上级法院发回或改判是极其正常的现象，而错案追究制运行实践中却认为这是下级法院的法官办错了案，要追究其责任，轻则扣奖金、挨批评、作检查，重则受处分，还要影响到所在庭、室其他法官的利益。法官为了不被追究责任，常常是瞻前顾后，小心翼翼，承受着巨大的精神压力。法官办案越多，出错案的可能性越大，不办案就不会出错，法官办案的积极性就受到影响。加之一些法院内部的奖惩机制不完善，使得一些在审判一线办案的法官甚至产生调离审判岗位，到法院的行政、后勤等非审判岗位去工作的想法。[7]这些法官认为，身处审判第一线，案件多，工作忙，压力大，要去调查、勘验、取证，很辛苦，甚至还要挨当事人的骂，有时办案法官的人身安全也受到威胁，[8]而一线办案法官的工作待遇却不见得比非审判岗位的人高，有的甚至还低。在这种责、权、利不一致的状况下，很多身处一线的法官感到自己费力不讨好，只有压力，没有动力，于是就谋求转岗，或调离法院。[9]
（二）民事案件会助长强迫调解，刑事案件会造成轻纵罪犯
民事诉讼法规定，法院调解应在合法、自愿的基础上进行，不应久调不决，更不能强迫双方当事人非自愿地达成调解协议。在未实行错案追究制时，法官一般都能遵守这一规定，当事人不愿调解或调解达不成协议的，法官就会及时作出判决。实行错案追究后，由于判决可能引起当事人上诉，而上诉又可能导致发回重审或改判，法官将因此承担错案追究责任。而调解结案，由于法律规定当事人不能上诉，因而也就不存在被上级法院发回重审或改判的可能，也不可能出现错案和被追究责任。如此一来，法官以判决形式结案，将冒被追究责任的风险，而以调解方式结案，则无任何风险，出于趋利避害的本能，绝大多数法官都会尽可能地选择以调解方式结案。而在刑事案件中，法官则可能会采取“宁纵不枉”的策略来规避风险。审理刑事案件的法官可能面临如下选择：如果因判重了而被上级法院改判，则要承担错案责任；如轻判，被告人一般不会上诉，即使上诉，由于上诉法院受“上诉不加刑”原则的限制不能改判，因而没有承担错案责任风险。这就很难防止法官产生轻纵罪犯的倾向，而且还极易诱发权钱交易。
