案件撤回后如何处理，司法实践中的做法极为混乱，因此有必要加以明确。对于证据不足的案件，撤回起诉后如果被告人在押的，应当立即释放或改变羁押方式，能够退回补充侦查的就退回补充侦查，没有补充到重要的新证据，检察机关应在合理的期限内作出存疑不起诉决定，尽快终结诉讼程序。这是追求程序效益和保护当事人权益的要求。检察机关将公诉案件撤回起诉后在法定期限内补充到新的事实或者新的重要证据需要重新起诉的，应根据法律规定的程序重新起诉。没有新的事实或新的重要证据不能再行起诉，避免出现无罪判决。
五、法律救济和监督程序的建立
撤回公诉作为检察机关终止诉讼的形态是检察机关公诉裁量权的表现形式之一，作为对案件的程序性处理结果，检察机关必须作出相应的法律规定，以诉讼文书的形式，送达相关的机关和人员，以便使他们提出异议和寻求相应的法律救济手段。[17]检察机关撤回起诉的案件，如何对被告人和被害人进行司法救济，立法与“两高”的司法解释对此都没有明确规定。“如果检察机关行使撤诉权，却导致当事人的诉讼权利得不到有效地保护，就背离了撤回制度设计的初衷。”[18]所以，建立撤回起诉告知、救济、监督程序，保护诉讼参与人的诉讼权利，能有效提高检察执法公信力。
（一）设立撤诉的告知程序
“在广义上剥夺某个人利益时必须保障他享有被告知和陈述自己意见并得到倾听的权利。”[19]在刑事诉讼法中应当明确规定撤回起诉的告知程序，现行刑事诉讼法及司法解释并没有设定这一程序。当事人及其他诉讼参与人的切身利益密切相联，为保证当事人知情权，避免损害当事人的权益，检察机关申请撤诉的，法院在审查撤诉理由时，应履行告知义务，听取被告人、被害人、辩护人、委托代理人和其他诉讼参与人的意见后，再作出是否准许撤诉的裁定。裁定准许的，法院应及时将裁定书送达被告人及辩护人和被害人及代理人等相关人员。检察院在作出撤诉决定后，应及时将撤诉决定书送达被告人和被害人，并告知其诉讼权利。撤回公诉决定是检察机关一项严谨而审慎的决定，以口头形式进行撤诉活动，既不严肃，也不利于保护当事人的合法权益。不管是检察院的撤回起诉决定书，还是法院的准许检察机关撤诉的裁定书，都应当以书面方式进行。应当遵循公开、透明的程序司法原则，公开宣布，并将撤回起诉的决定书和准许撤诉的裁定书送达被告人及所在的单位，以便杜绝“暗箱操作”和权力滥用。为此建议，在《检察规则》第351条增加第二款：“撤回起诉的决定应当公开宣布，并将撤回起诉的决定书送达被告人和它所在的单位，如果被告人在押的应当立即释放。”[20]
