三、撤回公诉制度地位的强化
“刑事诉讼法没有明确赋予的职权，司法机关不得行使；司法机关也不得违背刑事诉讼法所明确设定的程序规则而任意决定诉讼的进程。”[10]我国对撤回公诉制度规定在立法上存在缺陷，由于立法对撤回公诉制度缺乏明确规定，有学者对目前撤回公诉制度的合法性持否定态度。[11]目前我国刑事诉讼法中无撤诉的相关规定，只是在《＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》和《人民检察院刑事诉讼规则》中作了相应的弥补。这样的司法解释位阶太低，有违现代刑事诉讼“程序法定”的基本原则。“公诉案件撤回起诉制度的建立、设计和操作，必须置于国家法制建设进程和刑事诉讼立法修改的大局中去，才能真正体现法律的严谨和威严。”[12]
目前诉讼实践中案件在撤回起诉后再行提起公诉的情况比较普遍，是撤回起诉权在一定程度上滥用和适用不当的体现。“法律上赋予公诉人的公诉权不是无限的，也不是不能耗尽的，当有公诉障碍的情况下，就同一事实、同一被告人只能有最多一次的撤诉权和由此引起的第二次起诉与否的决定选择权。”[13]因此，撤回公诉后，检察机关不得就同一犯罪再行起诉，但发现新的证据或重要的犯罪事实除外。以“发现新的证据或重要的犯罪事实”作为再行起诉的条件，可以保证再行起诉的慎重行使，在程序上，如果检察机关发现新的证据或重要的犯罪事实，应当作出撤销不起诉决定。对于检察机关进行补充侦查、调取新的证据案件或发现新的犯罪事实案件，在检察机关撤回起诉后，再行提起公诉的应以一次为限，法院应当作出有罪或无罪的判决以及对指控的部分犯罪事实认定或不认定的判决。法院作出无论是有罪还是无罪的判决，只要没有满足检察机关的追诉目标，都可以依法进行抗诉，促使法院依法改判，这也是“避免撤回起诉代替无罪判决”案件的重要手段。
四、撤回公诉的自由裁量权扩大与限制
刑事公诉撤回起诉意味着诉讼程序的回转，但并不代表诉讼终结，必须针对不同的撤回起诉事由，明确规范相应的处理方式和期限，保证司法的统一，保护当事人的合法权益。
（一）设立征求被告人意见的制度
检察机关以证据存在瑕疵为由拟撤回公诉的，应当征求被告人的意见，并根据不同情况进行处理。如果被告人要求接受审判，检察机关可以不予撤回，继续完成起诉程序。对于检察机关坚持撤回公诉的，被告人有权提出申诉。对于法院审查后不同意检察机关的撤诉请求的，检察机关对判决结果也有权提出抗诉。
