一是法院建议撤回公诉，干预了检察权的独立行使。我国宪法第131条规定：“人民检察院依照法律规定独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。”撤回公诉也是独立行使检察权的要求，检察机关对公诉行为应当享有较为独立的自主决定权，这种权力不应受到任何其他机关的干涉和影响。法院书面建议检察机关撤回公诉，不符合《＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第177条关于撤回起诉的规定。“法院可以要求检察机关撤回起诉”是对检察权的一种干涉，这种程序的规定，不仅使得由检察机关代表国家追诉犯罪行为的国家公诉权无法得以实现，更容易使得个别审判人员假借此理由，阻却国家追诉权的行使。有些地方的检察机关已意识到这一点，所以内部作了一些规定，如“法院建议撤回起诉或拟作无罪判决的案件，应当认真审查，并积极主动与法院交换意见，达成一致，再依照法律和程序对案件作出公正的处理。”立法者对这一法条的取消，实质也就是限制和取消法院对检察机关起诉的不合理干预和影响，让起诉和撤回权掌握在检察机关自己手中。
二是从法院审判权的性质来讲，不宜建议检察机关撤回起诉。审判机关只对案件审判定性与量刑有决定权，是否启动审判程序是检察机关的权力，即只要检察机关向法院送达起诉书和相关证据材料，审判程序就应当无条件启动，法院的审判权应认定犯罪嫌疑人是否犯罪并决定是否处以刑罚。法院建议检察机关撤回起诉，不符合法院中立、被动的诉讼地位，已扩大到由法院决定对犯罪行为是否追究，检察机关公诉权将大大削弱。如果是那样，司法权力的分配就是严重失衡，势必违反公检法三机关分工负责、互相配合、互相制约原则。修改后的刑事诉讼法取消了法院建议撤诉的规定，正是我国刑事诉讼制度的改革完善的体现。
三是法院建议撤回公诉不符合“不告不理”原则。“不告不理”原则是现代刑事诉讼中一项公认的基本原则，其基本含义是对未经公诉机关公诉的刑事案件，法院不得受理和审判，法院的审判范围受制于公诉机关的指控范围，也就是说，法院对刑事案件进行审理必须以起诉为前提，否则就不能对刑事案件进行审判。拥有撤诉权符合“不告不理”的诉讼基本理论，依据“不告不理原则”，公诉权由检察机关专属行使，检察机关的“起诉”在诉讼中具有绝对的主动性，是公诉权处分原则的体现。如果检察机关撤回公诉，表明刑事诉讼不进入审判阶段，阻断了刑事诉讼继续进行。所以法院建议撤回公诉是与“不告不理”原则相违背的。
撤回起诉的程序不应由法院建议提起，而应当是：“检察机关认为自己提起公诉有错误时，为节省诉讼资源，维护当事人权益，体现检察机关公正形象，可以以书面形式主动提出撤回起诉要求。法院在审查后认为可以准许检察机关撤回起诉的，应作出准许撤回起诉的书面裁定。”[9]
