综上可见，民事主体与诉讼主体的分离一经民事诉讼的检测，即遭到了理论和现实的阻击。实体法与程序法在主体制度上的失衡，显然已成为两法共同有效地实现保障权利、解决民事纠纷、维护社会经济秩序等民事诉讼目的的巨大障碍。因此，尽管民事程序法为了“尽可能扩大诉讼制度解决纷争的功能，尽量让任何人（国民）能很容易地和法院见面，增多请求保护权利（就实体权利之存否及其范围的判断得到审理），解决纷争的机会”(11)，而将非法人团体纳入当事人的范畴，但由于其非民事主体，判决所确定的义务或权利因无从依附而无任何实质意义。因此，最终的结局就是，让涉入纠纷的非法人团体或对方当事人“高兴而来，失望而归”。
要改变非法人团体的上述窘迫处境，要么承认其民事主体地位，要么将其从诉讼主体的范畴内清除。对此，笔者甚为赞同曾世雄先生的论断：“人类社会生活而争生活资源，如因此发生冲突，则诉讼随之。此一生存法则，早已由罗马法之体例反映出。非法人组织如不能使权利义务驻足集散，不能有民法之权利能力，则何来纠纷？又何来诉讼？赋予诉讼法上当事人之能力。岂非多余？反之，非法人组织如何又能牵动权利义务涉及诉讼，必须赋予诉讼法上当事人能力，则其必曾供权利义务驻足集散过，民法上不承认其有权利能力，即或有误。”(7)92
可见，具有当事人资格者，应当具备民事主体资格；享有了民事主体资格者，应当赋予其当事人资格。在非法人团体领域，民事主体与诉讼主体应该具有内在的统一性。只有依照实体法规定能够承载权利义务即为民事主体，才有可能在诉讼中享有诉讼权利承担诉讼义务，才不至于使法院之判决沦为形式。如果放任实体法与程序法在主体制度上的分离，必将减损法律调控社会关系之功能。
由于民事主体与诉讼主体有限分离论坚持形式推理，将两法的主体制度进行分别观察，从而为错误解释，使此论具有无法克服的先天缺陷。一方面，固执于民法有关民事主体资格的形式规定，“在实体法上权利能力的观念，一定是人才有权利能力，至于非法人，“非”就是‘非人’，非人是不是有权利能力？这是实体法上的问题。”(10)143，认为团体中符合法人条件的始有权利能力，否则即为非法人之团体，从而无权利能力。此是纯以概念法学之形式推理而得出的结论。诚然，在一定意义上法学可以被理解为是一门概念的管理学，但是因为概念的设计者“基于某种目的性的考虑（规范意旨），就其对该对象所已认知之特征加以取舍，并将保留下来之特征设定为充分而且必要，同时将事实涵摄于概念之运作中（例如将法律事实涵摄于构成要件）把其余之特征一概视为不重要”(12)。可见，概念的缺陷是在所难免。因此，以概念本身为前提进行推理得出的结论，也必然存有不同程度的局限性。另一方面，专注于程序法之于实体法的独立性，割断二者的内在联系，“当事人能力是诉讼法上的概念，权利能力是实体法上的概念，而诉讼法的概念，未必要受到实体法的概念的拘束”(11)250，“当事人能力是诉讼法上的问题，诉讼法上的主体具有自己独立的、不依赖实体法而存在的特质”(13)。从而主张，诉讼主体资格与民事主体资格两者间并无必然之关系，进而认定，于诉讼上有当事人能力者，未必为民事主体。这是法学研究领域内，各学科偏重于在自身范围内进行逻辑框架建构的一元化方法论的典型体现。此种一元化的方法论，人为地割断了本为同源的实体法与程序法，致使两主体关系长期处于混沌状态。如上所述，实体法与程序法的已然独立，不能抹杀其同脱胎于诉讼法且为一对孪生兄弟的事实。两法主体制度的失衡，已成二法合作调控社会关系的障碍。
同时，因有限分离论逻辑基点的选择错误，使其科学性更备受质疑。综观民事主体与诉讼主体有限分离论的相关论述，无一不是以实体法与程序法主体制度的不一致为依据，尤其是非法人团体民事主体资格与诉讼主体资格的不一致。但现行法对民事主体和诉讼主体的实然规定，与二者关系的应然状态是完全不同的两个层面，法学研究的基本原理也要求不得以实然规定推导应然结论。因为法学研究的目的之一就是研究法律的应然状态，完善实在法使之符合法律的基本价值目标，如果只将目光放在法的实在层面，从而推导出相应的法学理论，则法学的价值将无法彰显。法学应领导法律，而不是相反。
但以罗马法系观之，民事主体与诉讼主体的区分并非自古就有。两主体的分野和实体法与程序法的渐进分离如影相随。在实体法和程序法水乳交融的古罗马法时代(13)，民事主体与诉讼主体无从依附。时至今日，实体法与程序法均已获得了实质性的独立地位，且发展出各自的功能和目的。但两者毕竟同源于诉讼法，形式上的独立不能割断两者千丝万缕的联系，自成体系不能阻碍两者内在精神上的一致。就民事主体与诉讼主体的关系而言，因二者均为其所属法律部门的基础性制度，毋庸置疑，也应遵循这一质的规定性。但是，以我国现今法学界的主流观点视之，民事主体与诉讼主体有限分离的观念却有趋于根深蒂固之势。因此，笔者认为，必须对既已形成的两主体有限分离论加以反思，以助于学界树立关涉两主体关系的科学认识。
