调查。侦查期间，查扣犯罪所得财物时，虽然并没有严格证明法则的适用，但在嗣后审判程序，对于认定是否为犯罪所得之物及得否作为没收标的时，则须以证据证明之，且适用严格证明法则。因此，在侦查阶段除应积极扣押犯罪所得财物，并应加强就所扣押的财物与犯罪所得间的关连性，为相当的调查与搜证，且于起诉书中详述其关连性的理由，以争取法院的认同，于裁判时为没收的谕知。实务上曾发生检警调人员于侦查时，扣得巨额现款，但因被告否认为贩卖所得，而检察官亦未进一步就该款项的属性予以调查搜证，确认是否属于贩卖所得，致无证据足以认定系犯罪所得，法院即无从依法宣告没收（台湾高等法院97年度上诉字第1973号判决要旨、97年度上诉字第3164号判决要旨参照），导致查扣现款徒劳无功，故查扣时，宜加强查扣物与犯罪所得间关连性的调查和证明。
扣押的方法。第一，现金、有价证券。于搜索现场发现有疑为供犯罪所用或因犯罪所得的现金、有价证券时，宜于扣押、清点、交付保管等过程中全程摄影存证，由具财经专长人员单独放置于“贵重扣押物品保管袋”密封签名后，由“专人专责保管”，并于扣押笔录中注明特征、编号、种类、面值、张数、金额等，及系自何人座位或办公室位置扣取。返回后，现金不论金额多寡，应一律缴库点收，取据附卷。至于外币应验收后加封送银行保管或自行妥存于保险柜。其它有价证券，亦应除有特殊标记等特定物须原物保存者外，得报请核准后提示兑领现金存库或加封保管。对于扣押的货币、有价证券，必要时均宜送鉴定，以辨真伪。第二，金钱账户。如前述，可依“刑事诉讼法”第133条、“洗钱防制法”第9条、及“银行对疑似不法或显属异常交易之存款账户管理办法”第4条的规定，犯罪嫌疑人的银行金钱账户作禁止处分，即可达到及时扣押犯罪所得的效果。第三，不动产。包括对房屋及土地等不动产，施以扣押或禁止处分，应于公文载明所有人、地号、面积、法律依据及所欲达成的扣押或禁止处分的状态后，行文地政事务所为之。第四，股票集保账户。扣押、禁止处分股票集保账户股票时，应行文证券商扣押、禁止处分其金融账户。因证券金融事业经营法定业务所取得的证券，会送存证券集中保管事业保管，故于扣押、禁止处分时，亦应行文集保公司，扣押或禁止处分该证券保管账户的股票。至于非由证券金融事业经营法定业务而取得的证券，则未必会将证券送存集保公司保管，亦无从行文扣押或禁止处分。第五，其它动产或财产。例如汽车、经动产担保交易登记的动产、对第三人之债权……等等，因其对象、范围等均属特定，故得为扣押、禁止处分的客体，并行文于监理所、动产担保交易的登记机关、第三人……等即可。
