（二）外延与内涵不符
概念在逻辑上要求外延与内涵相一致，但“事业单位法人”在我国的分类改革实践却进一步凸显了概念自身的逻辑矛盾。
1996年中共中央办公厅、国务院办公厅印发《中央机构编制委员会关于事业单位改革若干问题的意见》，这是我国就事业单位改革下发的第一个专门文件。文件中提出的“分类改革”，为事业单位法人的类型划分提供了直接依据。各地对事业单位的分类不尽相同，基本分类模式是三分法，即将事业单位分为三类：行政管理类、社会公益类、生产经营服务类。“三分法”代表了我国事业单位的三个基本改革方向：行政管理类事业单位划归行政机关或按行政机关进行管理，社会公益类事业单位保持事业单位身份不变，生产经营服务类事业单位转制为企业。[5]
行政管理类事业单位，实际上与行政机关并无二致。如中国证券监督管理委员会是国务院直属的部级事业单位，其职责包括制定有关规章、政策，统一管理证券期货市场，按规定对证券期货机构实行垂直领导，监管证券、期货的上市和交易等等，并且有进行行政处罚的权力，从任何角度看都更接近于纯粹的行政机关。
企业类事业单位，实际上徒有“事业单位”之名而具“企业法人”之实。依据《事业单位登记管理暂行条例》，事业单位应当以公益为目的，这与企业的营利性质截然相反，所以事业单位不可能同时兼有企业的性质。但实践中，有大量的事业单位却需要按照企业登记的制度进行企业法人登记。比如，根据国务院发布的《出版管理条例》，各种出版单位包括出版社、报社、杂志社等，其设立除了需要由出版行政部门批准和登记，领取《出版许可证》外，还必须向工商行政管理部门领取营业执照。从经济性质上讲新闻出版单位很难说还是事业单位，但因为这些单位在历史上一直是事业单位，政府出于政治等的考虑，仍然使其具有事业单位名分，于是造成一种名实不符的局面。
事业单位三分法的改革模式意味着，行政管理类事业单位按行政机关管理，这部分事业单位法人将转化为公法人；生产经营服务类事业单位法人将转化为企业法人。“事业单位法人概念”在实践中的演绎已经使这一概念的内涵无法涵盖各种不同类型的主体，分类改革实践凸显了这一概念自身的逻辑矛盾。但社会公益类事业单位法人是否可以成为原事业单位法人的替代概念或成为未来立法的理想选择呢以下将做进一步分析。
