首先，修正案规定，最高人民法院、高级人民法院裁定再审的案件，由本院再审或者交其他人民法院再审，也可以交原审人民法院再审。但由于该条并未对何种情况下由上级人民法院审理，何种情况下可以交其他人民法院或原审人民法院审理作出规定，这样决定权就完全被赋予了上级法院。由于高级人民法院审判监督庭人员短期内不可能迅速增加，再考虑到目前严峻的申诉上访形势，大量的再审案件最终可能仍然流向中级法院。[7]如此，再审案件提级管辖的希望仍难得以实现。当中级法院作为原审审理再审案件时，其是否能够完全摆脱原审影响，仍然是一个问题。
其次，同是再审案件，有的由上级人民法院审理，而有的则由上级人民法院交其他人民法院或原审人民法院审理，不符合当事人审级利益的平等保护，也与检察院抗诉案件的审理法院等级不一致。
对检察院抗诉的案件，除第一百七十九条第一款第（一）至（五）项情形的可以交下一级法院审理外，应由接受抗诉的法院审理。对再审事由相同的案件，仅因为启动主体不同而由不同等级的法院审理，这显然不符合逻辑。
（三）未明确规定再审案件的审理程序。民事诉讼法修正案对再审事由、人民法院的受理、审查程序作了较明确的规定，在法律上初步确立了当事人申请再审之诉的法律地位。但是，修正案并没有就再审案件的审理和裁判规定一个独立的审理程序。根据现行民事诉讼法第一百八十四条的规定，再审案件审理适用原审程序，司法实践中，也是按照此规定对再审案件进行审理并据以进行裁判的。这也就是说，对于原审为二审的生效裁判，仍适用二审程序审理。关于二审程序对案件的处理，现行法第一百五十三条第一款规定了三种处理方式，即依法改判、维持原判和发回重审。其中，发回原审的处理方式主要适用于“原判决认定事实错误，或者原判决认定事实不清，证据不足”和“原判决违反法定程序，可能影响案件正确判决的”两种情形。不难发现，这两种情形与修正案关于当事人申请再审事由的规定有明显重合。现在的问题是，如果中级法院审理的再审案件针对的是二审判决，那么是否允许其以事实不清或程序违法为由发回重审？如果允许，将与民事诉讼法修正案提升再审法院等级的立法意图相冲突；如果不允许，则必须对现行法一百五十三条作出限制性解释。
