按照毛泽东的解释，党的领导方法是：“大权独揽，小权分散。党委决定，各方去办。办也有决，不离原则。工作检查，党委有责。……‘原则’，指的是：党是无产阶级组织的最高形式，民主集中制，集体领导和个人作用的统一（党委和第一书记的统一），中央和上级的决议。”[28]“集体领导是党的领导的最高原则之一……应该根据情况分别提交党的委员会，常委会或书记处，党组集体讨论决定，而不得由个人专断……党委成立的研究处理任何专题的组织，必须在党委领导之下进行工作，不得代替党委，更不得凌驾于党委之上……”[29]对于政法机关而言，“政法机关是专政机关，掌握生杀大权，更要置于各级党委的领导之下。如果不要党的领导，或者自成系统，实行垂直领导，脱离各级党委的领导，不紧紧依靠党的领导，就不可能把工作做好，不可能胜利完成任务。特别是公安工作，什么事后向党委保密、封锁，或者只向党委反映片面情况，脱离党委领导，就要出乱子。在这方面，中国、苏联的经验教训是不少的。”“政法部门要依法处理各种社会矛盾，没有党的领导怎么行？当然，政府部门也不要把什么矛盾都上交给党委，一般的案子，一般的事情，依法去办就是了。重要的问题，重要疑难的案子，牵连到这里那里，事关重大，一定要主动向党委请示报告。这样，才能更法地依法正确处理问题。”[30]
这里需要区分两类情形：第一是应区分党委政法委员会协调与党委领导。政法委员会只是党的办事机构，同样要接受党的领导。在有些情况下，政法工作可以直接向党委请示报告，而不必经由政法委员会。例如，1953年，确立了14位领导人直接向中共中央主席负责的体制。当时政法工作的党内分工是由董必武、彭真、罗瑞卿负责；而1978年6月中共中央设立中央政法小组时，曾规定公安部有一些特殊问题，仍直接向中央请示。关于政法委员会与党委的关系，1990年4月，中共中央在《关于维护社会稳定加强政法工作的通知》中还曾规定，“政法委员会恢复后，仍然要贯彻当政职能分开的原则，主要对政法工作进行宏观指导和协调，当好党委的参谋和助手，其办事机构主要做调查研究工作，不要过于具体干预各部门的业务”。在1998年的《中共中央政法委员会关于党委政法委员会执法监督工作的意见》中，明确了政法委员会的案件协调职能：“党委政法委员会召开的案件协调会议由党委政法委员会的书记、副书记主持。协调会议形成的意见或会议纪要，报经党委有关领导同志审批后，发有关的部门和单位贯彻实施，由党委政法委员会机关负责督办和检查”。需要注意的是，政法委协调案件制度与过去的党委审批案件制度有很大不同。前者仍以确认公检法三机关的基本职能为前提，而后者则是取代了公检法特别是法院的审判权。[31]
第二是应区分党委审批制度与向党委请示报告制度。建国以来的，党委审批制度往往是与政治运动结合在一起，因此曾经长期存在。[32]直至1979年中央颁布《关于坚决保证刑法、刑事诉讼法的切实实施的指示》正式宣布废除党委审批制度之时，死刑案件仍是由中共中央批准。[33]而向党委请示报告制度基本不涉及个案的决定权，而是为了确保党委特别是党中央对全局的把握，从而较为准确的做出工作部署。例如法治和人权条款入宪，就是首先经过了中共中央政治局讨论决定，然后向全国人大提议修宪。
五、权利观念与大局意识
常常听到的是，政法机关要为中心工作服务，为大局服务。那么什么是大局？邓小平曾强调：“在社会主义制度之下，个人利益要服从集体利益，局部利益要服从整体利益，暂时利益要服从长远利益，或者叫做小局服从大局，小道理服从大道理”。这也就不难理解，中国的大局就是比较强调国家的集体利益、整体利益和长远利益。目前的大局就是维护安定团结的政治局面，实现国家的长治久安。“只有党内党外上上下下都注意照顾大局，我们才能够顺利地克服困难，夺取四个现代化的光明前途”。[34]
由于大局意识较为强调国家利益、集体利益高于个人利益，这与个体权利观念就可能存在着紧张关系。特别是在建国初期，往往是以牺牲个体权利来成全特定时期的国家利益。例如，将阶级敌人排除在享有权利的公民范围之外；为了巩固国家政权而发动的镇压反革命运动采取溯及既往的原则，[35]也不区分未遂和既遂；[36]发动土地改革运动，没收地主和富农的个人财产，使得“很大程度上依靠财富、血缘关系建构起来的传统权力结构和统治秩序被彻底摧毁”。[37]此外，运动中成立的人民法庭，也是绕开了原有法院制度，使得公民的基本诉权难以保证。例如，中央人民政府分别在1950年6月30日和7月20日公布施行《中华人民共和国土地改革法》和《人民法庭组织通则》。其中《人民法庭组织通则》第八条规定：“县（市）人民法庭及其分庭对匪特反革命分子之死刑的判决，按本通则第七条规定批准执行，不得上诉。县（市）人民法庭及其分庭关于土地改革中划分阶级成分的争执案件，依土地改革法第三十一条规定之手续，判决后即须执行”。
