对于行政诉讼调解的性质，学界并没有展开充分的讨论，有学者引用域外学者的观点认为行政诉讼中和解，既属于诉讼行为，又具有实体法上的性质，[9]也有学者认为，诉讼和解应当具有一种公法契约的性质。[10]
行政诉讼能否调解的问题。行政诉讼中可否适用调解制度，这也是一个讨论行政诉讼调解制度的最为基本的话题。对此，可以归纳为三种基本观点：一种是否定说，另一种是肯定说，再一种是坚持适当适用行政诉讼调解的观点。对此问题的讨论，可以说是各执一词，各有根据。
否定调解的观点主要基于以下理由：
一是认为公共利益不可出让。由于行政权的行使往往涉及公共利益，所以许多人认为如果允许行政机关把法律授予自己的权力与相对人做交易，必然意味着国家利益、社会利益被出卖，出让公权必然损害公共利益。[11]台湾地区也有学者对行政诉讼和解提出过质疑。[12]
二是坚持公权力不可处分性。传统理论认为，行政权是国家权力，行政机关只有行使国家权力的职责，而无权自由处分国家权力，[13]因此，在对待行政调解问题上，人民法院也就不能以调解作为审理方式，更不能以调解作为结案方式。[14]
三是认为由行政审判的任务所决定。认为人民法院审理行政案件的任务，是根据事实和法律判断具体行政行为是否合法，合法者予以维护，不合法者予以撤销，判断合法与否的唯一标准是法律，在合法与不合法之间不存在中间状态，无调解之余地。[15]
四是缘于行政法律关系双方不平等地位。有学者认为在行政法律关系中，在资源、信息等方面，行政主体与相对人显然处于不平等的地位，双方难以达成平等自愿的调解协议。处于强势的行政主体可能会使用威胁、恐吓等手段迫使行政相对人作出无限度的让步，导致行政相对人的合法权益得不到有效保护，有违《行政诉讼法》的初衷。[16]
五是认为调解制度本身具有弊端。有学者认为在制度多元的今天，调解所具有的优越性固然不应该被忽略，但是，在我国行政审判的现实环境下，一旦在实定法上规定调解原则，调解本身所具有的弊端可能彰显无遗。因此，从策略上考虑，在目前的撤诉制度事实上已起到调解作用的情况下，不宜再在立法上规定行政诉讼调解原则。[17]
与以上否定行政诉讼调解制度的观点相反，学界有更多的学者不仅针对以上观点提出反对意见，而且从更为宽泛的领域论证行政诉讼调解的可行性和必要性，集中起来主要有以下几点：
一是认为公共利益的存在并不能成为调解制度存在的障碍。反之，禁止人民法院在行政诉讼中进行调解，使当事人之间的“和解”完全游离于人民法院的审查范围之外，恰恰容易造成国家利益、社会公共利益或者当事人利益受到损害的结果。规定人民法院主持行政案件的调解过程，可以借助于人民法院的审查，避免调解结果损害国家利益、社会公共利益或者当事人利益。[18]
二是认为双方当事人具有处分权。[19]包括行政职权也具有处分性。有学者认为，援引“公权不可处分”排除调解在行政诉讼中的运用在理论上并不成立。刑事案件调解能够在刑事自诉案件中得以运用，也说明了“公权不可处分”不是绝对的。有学者认为，自由裁量本身具有选择性、处分性，也为司法调解留有空间。[20]对此，也有学者提出反对意见，认为自由裁量权并非完全自由的行为，仍需要受到法律的限制，并不可以任意处置。[21]
三是由于当事人诉讼地位的平等。有学者认为，在行政实体法律关系中，行政主体与行政相对人之间是管理与被管理、支配与被支配的关系，双方的实体法律地位并不平等。但是，在进入行政诉讼领域后，他们在行政诉讼中处于平等的地位，依法平等地享有诉讼权利和履行诉讼义务。人民法院作为行政案件的审理者，完全可以依据法律对行政相对人和行政主体之间的行政争议平等地进行调解。[22]
四是缘于行政模式的转变，也使行政调解存在生存的空间。由干涉行政主导到给付行政彰显的现代行政中，行政行为方式呈现多样化，尤其非强制行政行为的出现，更多地带有契约性与合作性，行政单方性和强制性色彩被淡化，从而为行政机关和相对人在行政行为实施过程中的合作与协商提供了可能性。行政机关有自由裁量权，无论是对事实的认定还是对法律的适用，也都存在一定的选择空间。即便是实施羁束裁量行为，法律仍保障相对人在实施行政行为过程中享有陈述权与申辩权，行政机关在作出行政决定之前，有听取相对人意见的程序性义务，从而为行政机关与相对人之间开辟了一个平等对话的空间。[23]现代行政不再拘泥于传统的公权行政而包含了行政指导、行政合同等非权力行政的客观事实。公权力理论已由原来的国家公权力至上向带有协商、合作精神的公权力转变。[24]
