按照《若干规定》第19条，申请必须在举证期限届满前七日提出。而一审程序中的“新证据”包括有双方当事人在一审举证期满后新发现的证据，但对于新发现的书证当事人能否申请法院收集，法律并没有明确规定，法院完全可以要求当事人自行收集提供，这对于双方当事人举证权利的保障与进一步的证据交换或交锋无疑是非常不利的。
(3)申请及审查程序缺乏公开性、辩论性和可救济性。
法院审查申请的过程不具有三方组合的构造，书证持有人在不知情的情况下无法对申请提出异议、表达意见。法院批准当事人的申请后并无告知申请人和书证持有人的义务，在相当长的时间内将影响申请人的举证规划和证明方向，也使书证持有人失去在书证调查前最后的申辩机会。同时，书证持有人对法院批准申请的决定也无权通过申诉或上诉寻求救济。法院不批准当事人申请时虽有通知义务，但法律并未要求通知书陈述不批准的理由。申请人对不批准申请的决定无权提出中间上诉，仅有向原受理申请法院提出书面复议一次的权利，这种复议的效果是值得怀疑的。上述问题在很大程度上侵蚀了我国书证收集制度的正当性基础。实际上，不重视当事人的程序异议权与即时裁决制度的做法在我国的诉讼制度中并不鲜见，它根源于对当事人的程序主体地位的重视不够和对程序异议制度的功能的认识不足。通过对当事人在诉讼中的程序异议不断地进行符合程序正义原则的即时裁决和排解，实际上增加了整个诉讼程序对当事人不满的吸收功能，使当事人更易接受诉讼结果，而不会使当事人将无法得到化解的程序异议和不满不断累积，最终带入对裁判结果的不满。
(4)书证持有人权利与义务的双重失落。
从权利角度看，书证持有人没有拒证特权或保密特权，这使得在拒绝出示书证的行为性质上进行区分变得不可能，不利于法院公平合理的进行政策区隔，也不利于书证持有人权利与义务的平衡。特权规则的目的是为了保护特定的利益和关系。也就是说，维护这些利益和关系，从稳定一个社会的道德基础和人际关系的角度来说比收集书证、查明案情更为重要。“如果不保守这样的秘密，必要的信赖基础将不复存在，这既不与人类的尊严相符也不与人类自由发挥个性的权利相适应。”[3]任何拒证特权都可能剥夺另一方当事人证明其事实陈述的机会，限制了当事人的证明权，并可能影响案件实体真实的发现。这一冲突的情形就涉及到价值衡量问题。正是因为拒证特权服务于比证明权和实体真实更加值得保护和追求的维系社会的人伦基础的目标，才使得其对当事人的证明权的限制变得正当。对此如果仅仅以我国传统的追求客观真实的证明观念为指导，强调实事求是、发现真实，反而是片面的，使得诉讼制度、证明活动脱离了其存在的社会系统和背景。
