虽然我国《行政诉讼法》有“不得调解”的硬性规定，然而，实践中协调和解解决的行政案件的数量已经远远超过了以判决形式所解决的行政案件数量。说明现行立法对行政诉讼调解所采取的排斥态度并没有阻止事实上的和解在实践中的大量存在。“我们看到的是，法院对撤诉申请几乎一律‘绿灯放行’，面对几十万起撤诉申请，极少有不准许的。不许调解的规定被悄然规避，名存实亡。调解结案的现实需求，不是一个法条所能够禁得住的”。[19] 与其让这种“犹抱琵琶半遮面”的现象长期游离于法治之外，不如顺应实践的客观需要，承认其合法性，并用法律加以明确的规范，使行政诉讼的协调和解在法律的范围内运行，也使随意进行协调和解、片面追求社会效果、甚至假借“协调和解”之名侵犯公共利益、他人合法权益的现象得到有效的防止和遏止。这也是构建和谐社会对于制度建设的要求。
然而，如何从制度角度建立行政诉讼的协调和解机制，却是一个值得思考的问题。最高人民法院表示，“要抓紧制定有关行政诉讼协调和解问题的司法解释，为妥善处理行政争议提供有效依据”，[20] 但司法解释的作用与效力毕竟有限。根据第五届全国人大常委会第十九次会议通过的《关于加强法律解释工作的决议》的规定，最高人民法院司法解释的权限范围是“属于法院审判工作中具体应用法律、法令的问题”，最高人民法院发布的《关于司法解释工作的规定》中也明确“人民法院在审判工作中具体应用法律的问题，由最高人民法院作出司法解释”。虽然该规定第5条中称“最高人民法院发布的司法解释，具有法律效力”，但其法律效力与全国人大或者其常委会制定的法律不可比拟是一个客观的事实。而且，司法解释不能违背法律，更不能在法律之外创制规则也是众所周知的道理。
有学者针对这一问题也明确指出，司法解释不能修改法律的明文规定。一件利国利民，建设和谐社会的好事，为什么要以违法的方式去做呢？人大修法，并非“难于上青天”，如果对一部法律全面修改工程太大，难度太大，我们完全可以先修改其中迫切需要修改的一个或两个条款。“为了保证行政审判中的法治统一，我们必须协调行诉法第50条和第1条的矛盾。怎么协调呢？无疑应该修改行诉法第50条，变‘人民法院审理行政案件，不适用调解’为‘人民法院审理行政案件，可适用调解，可调解的行政案件的范围和调解程序由最高人民法院以司法解释的方式确定’”。[21] 笔者认为，这一见解应当是符合客观实际的一种思路。应当在对《行政诉讼法》实施情况进行全面分析和评价的基础上，由全国人大常委会根据《宪法》和《立法法》所规定的职权，对《行政诉讼法》第50条的规定进行必要的修改，赋予法院对一定范围内的行政案件有进行调解的权利。通过这一修改，可以将实践中实际存在的以“协调和解”的名义所进行的行政案件调解、协调纳入法治的轨道。然后，在正在进行的《行政诉讼法》的修改过程中，明确规定人民法院在不违反法律、不违背公共利益或不侵犯他人合法权益的前提下，可以对行政案件进行调解的规则，并对行政诉讼调解的具体程序规则作出规定。
