但是，从《行政诉讼法》实施以来，法律对行政诉讼中撤诉行为的限制并没有在实践中起到应有的作用，撤诉率一直居高不下，法院对撤诉申请几乎不作任何审查地都予以准许。曾有学者针对《行政诉讼法》颁布以来，实践中行政案件的撤诉率一直稳步上升、居高不下（有个别地区居然一度高达81.7％）的现状（几乎没有哪个法院在审查撤诉申请后作出过不准许撤诉的裁定）感叹“实在看不出法律规定起了什么实际作用”。[11]而且，高层司法机关的领导也曾经针对行政案件撤诉率偏高，在原则同意“协调解决”的同时，强调“该判决的要大胆判决，不能无原则动员撤诉”。一些法院和法官也曾经将“撤诉率偏高”作为行政审判中的一个问题来看待，把“解决撤诉率偏高”的工作作为经验加以介绍。然而，隐藏在撤诉率之后的深层次的原因，是行政机关与原告地位的不平衡，以及法院的力不从心。“法院不仅容忍原告撤诉，甚至动员原告撤诉。法院可能劝说行政机关做些让步，作为原告撤诉的条件；也可能在行政机关没有任何让步的情况下，陈明利害，告以‘不撤诉也只能败诉’的结果，诱劝原告撤诉。有甚者还向原告许诺‘只要你肯撤诉，我把全部诉讼费退还给你’”。“为了规避‘行政诉讼不适用调解’的规定，法院内部通常称之为‘协调处理’，实质是没有调解书的调解”。该学者认为，我国行政诉讼中撤诉率高的真正原因在于当前行政诉讼缺乏良好的制度环境，行政权缺乏制约，原告缺乏基本的安全，法院缺乏独立性和权威性。撤诉是原告、被告和法院“合谋”中止诉讼。结果是，作为原告的公民、法人或者其他组织的权利无法通过行政诉讼得到理想的保护，限制撤诉的法律规定被弃置或规避。[12]
有学者认为，《行政诉讼法》第50条“不适用调解”的规定，与第51条的规定有着内在的逻辑关系，其实也是在避免对第50条的错误理解。[13]其言下之意，就是行政诉讼禁止调解，但并不禁止和解。笔者却认为，第51条规定恰恰是对第50条规定的强化，即行政诉讼不适用调解，但即使是和解后的撤诉，也应当由法院进行严格的监督和审查，以防止用“和解”的假象掩盖违法目的的实现。若将这两条结合起来理解，其真正的含义就是，在行政诉讼中不但禁止调解，同样也禁止无原则的撤诉与和解！因此，笔者认为，根据《行政诉讼法》第51条规定的立法本意，其根本目的是限制撤诉，而不是鼓励撤诉，将其作为人民法院“协调和解”的法律依据来理解是对该法条立法本意的一种误解，至少是对该条文不够准确的一种理解。目前在行政诉讼中，法院所积极推进的以各种协调的方式促使当事人达成和解、并以原告撤诉为最终诉讼结果的审理方式，并没有明确的法律依据。以和解的名义所进行的“协调”，实际上与诉讼调解的方式无异，这种做法与我国行政诉讼制度的相关规定以及立法的本意还有抵触之嫌。
