关于司法解释问题。有的代表主张，司法解释应由最高司法机关制定，以便统一司法，地方司法机关不能制定司法解释。有的代表则反对，认为我国地区之间严重不平衡，严格禁止地方制定司法解释对打击犯罪不利，应该允许地方进行创造性的解释。
关于刑事诉讼法外部因素对刑事执法、刑事司法的影响。有的代表提出，修改刑事诉讼法要同时考虑我们的历史文化传统、社会控制力、国家赔偿制度、司法保障条件对刑事司法和执法的影响等。还有的代表提出司法机关的内部考核管理制度，比如破案率、起诉率、不起诉率、判决无罪率考核等等对刑事司法也产生了重大的影响，因此要研究科学合理的考核制度。
关于司法经费问题。有的代表认为我国经济发展很快，司法经费问题应该不是大问题，不能以经费不足为由不推进刑事诉讼制度的改革。有的代表则认为国家财政收入未必能够进入司法领域，特别是我国地区发展不平衡，经费不足仍然是制约刑事诉讼制度改革的一个重要问题。
四、刑事诉讼制度与程序
关于侦查程序的改革，有学者认为提升侦查能力是推进侦查法治化的必要条件，同时，侦查法治化的进步往往是提升侦查能力的重要推动力量。我们国家目前的侦查法治化明显落后于侦查能力，应当加快侦查法治化的脚步，发挥程序对侦查能力的拉动作用，基本的解决措施是凡是联合国刑事司法准则中明确规定的一些原则、规则和制度，应尽可能地落实，比如说无罪推定等。对此有学者发表了不同的看法：因为根据现行法律的规定，我国侦查机关的侦查能力比较低，与发达国家相比，我们国家缺乏一种鼓励犯罪嫌疑人供述、方便侦查机关调查取证、控制犯罪嫌疑人行凶的制度和措施，比如说辩诉交易等等。片面强调权力限制，不利于打击犯罪。关于侦查措施的积极程序，有代表提出降低立案条件、侦查阶段进行刑事和解、坦白从宽、鼓励供述，建议完善侦查办案制度，把一些广泛使用的措施纳入强制措施的范围。
关于法院是否能在审判过程中决定对检察院退回补充侦查的问题，与会人员进行了激烈的研讨，提出了肯定和否定两种相对立的观点。有实务界人士指出，实践中有些案件证据不足，可能判无罪，检察院又不愿撤回起诉，法院陷入了判也不是放也不是的尴尬境地。对于这样的案件，实务界人士认为，应当赋予法院决定退回检察院补充侦查的权力，熊选国副院长在大会发言中，已经提出了这个观点。有学者认为法院之所以想恢复决定退回检察院补充侦查权，原因在于为了照顾检法关系，为了推进法院无罪判决不能太高的考评制度，还有就是有罪推定的心理在作怪。针对这种现象，大多数学者认为，这种观念是一种倒退，会导致检察院轻率起诉，导致司法资源浪费，严重侵犯被告人的合法权益，导致一种恶性循环。从法理上讲，这种程序倒流的做法也违背了诉讼职能分离的原则。法院是审判机关，应当中立，而不应当变成刑事诉讼当中的第三追诉人。因而，大多数学者主张，法院不应当拥有退回检察院补充侦查的权力。如果出现了上述情况，法院应当做到有罪即判、无罪放人，绝不能为推卸自己的责任，置被告人的权益于不顾。也有学者提出了一种折中的方案，那就是确立实质化的庭前审查程序，在这个介于起诉与正式审判之间的程序中，由预审庭对检察院的起诉进行审查，如果法院认为不符合起诉的条件，法院应当决定不予受理，但案件一旦决定开庭审理的话，法院无论如何都不可以依职权退回检察院补充侦查。
