然而，由于我国缺少有效甄别外资的规定，使得《指导目录》的规定常常被规避。《关于向外商转让上市公司国有股和法人股的通知》（以下简称《通知》）第2条规定，向外商转让上市公司国有股和法人股，应当符合《指导目录》的要求，但对怎样确认以及怎样保证没有细化的规定。所以，外资往往能通过间接并购的方式规避该规定的要求。例如，外商可以利用其控股的国内公司去收购必须由国内资本经营的公司，在不违背产业目录的前提下间接的控制那些限制或禁止外商投资行业的经营权。这样非但使得我国对外资必要的市场准入限制虚置，而且使得证券市场成为了外资渗入涉及我国国家经济安全行业的工具。
（二）新公司的性质问题。
外资并购上市公司后，新公司究竟是外商投资企业还是内资企业也是目前较为突出的问题之一。这一问题不但涉及到新公司日后运营中的税收问题，而且涉及到新公司的监管。在税收方面，根据《通知》第9条的规定：上市公司国有股和法人股向外商转让后，上市公司仍然执行原有关政策，不享受外商投资公司待遇。这一规定是出于维护我国市场稳定，防止A、B股市场间的套利行为，但这十分不利于鼓励外商收购上市公司国有股的积极性。首当其冲的问题就是外资并购中的税收问题。《通知》并未将被并购的上市公司视为外商投资企业，因此按现行《外商投资企业和外国企业所得税法》和《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》，其不得享受外商投资企业的税收优惠，而2003年1月出台的《外国投资者并购境内企业暂行规定》（可参见该规定第18条的规定）却是可以的。这种法规方面的矛盾之处让外商无所适从。此外，如果外商所在国与我国没有建立税收备忘录，外资并购我国上市公司可能面临双重征税的问题。这些都无形之中阻碍了外资对我国上市公司的并购。这也就是自《通知》颁布后，外资对我国上市公司的并购并没有像管理层预料的那样如火如荼的重要原因之一。
