鉴定制度问题突出地表现在以下两个方面：
第一，对鉴定结论质疑难。司法鉴定是由具有专门知识的人员，依据某些客观材料作出的鉴别、判断的主观说明。鉴定结论具有强烈的主观色彩，应当允许当事人对其提出质疑。鉴定结论作为证据的一种，也应当遵循当庭质证原则，在法庭公开审理过程中接受当事人的充分质疑。但是，在司法实践中，鉴定人常常以各种理由不出庭。鉴定结论的专业性特征以及鉴定过程的神秘性和不公开性，使当事人很难行使自己对鉴定结论的质证权。这就使由司法机关单方作出的鉴定结论往往成为不受质疑和无法进行质证的定案的惟一依据。不仅剥夺了一方当事人的质证权，而且由于司法机关一方作出的鉴定结论不受质疑，因而很难保证其充分的科学性、公正性和客观性，容易导致案件的错判。
第二，采信难。我国目前还没有一个对鉴定结论进行鉴别的科学、统一和公开的标准，鉴定结论是否采信，完全由法官自由裁量。而法官显然并非专业鉴定领域里的专业人才。由此，往往由司法机关隶属的鉴定部门作出的鉴定结论容易得到采信，而由民间鉴定机关作出的鉴定结论就不易得到采信。
司法鉴定运作混乱无序，同一案件中相同的专门性问题在不同的诉讼阶段往往可能形成完全不同的数个鉴定结论，参与诉讼的各方各持对自己有利的鉴定结论向法庭举证，致使案件事实无法查清，司法人员无从裁判或随意裁判。法官或者对鉴定结论不加审查盲目采纳、采信；或者仅仅根据鉴定机构的级别加以取舍。这严重影响了司法活动的严肃性，并导致司法界和广大人民群众对司法鉴定科学性产生怀疑，造成司法鉴定的信誉危机。
鉴定结论到底该如何采信？是否存在某种确定的标准？由于缺乏相关的法律规定，鉴定结论的采信在我国的司法实践中面临着困境。
“现代科学使所有通才型裁判者———无论他们是否受过法定培训———越来越多地面对只有专家才能毫无困难理解的信息。”[2]外行的法官如何应对科技含量高、专业性强的司法鉴定结论(专家证据)，我们不妨看看美国是如何处理这一难题的。
二
在全球范围内，对于司法实践中遇到的技术性问题，解决的方式有两大类：一类是由当事人聘请专家证人出具专家意见；另一类是由司法机关委托鉴定人进行鉴定；前者是英美法系国家采用的传统做法，后者是大陆法系国家普遍采用的模式。
