2.大量不正当关联交易损害基金持有人的利益[3]基金运行中存在大量的关联交易，主要有“本人交易”包括：（1）与基金管理人存在关联关系的经纪-交易商和基金之间的交易。（2）同一基金管理人管理的两个或多个基金之间的交易。如基金管理公司两只旗下几只基金“对倒”。（3）基金管理人的关联交易商与基金之间的无风险本人交易。二是共同交易，基金管理人与基金处于交易的同一方，共同与第三方进行交易，这其中也会导致基金管理人与基金之间的利益冲突。三是代理交易，基金管理人不是以本人的身份而是以基金的代理人身份参与交易。在我国基金运作实践中，这些关联交易主要表现为：基金管理公司令其基金经理运用基金资产为其控股股东的新股承销、配股甚至自营业务服务；或令其通过高买低卖方式向控股股东输送利益。在利益的驱动下，基金管理公司依然有动力寻找法规盲点追逐超额利润，损害持有人的利益。
3.基金管理公司自身的治理结构存在缺陷
首先，基金管理公司的董事会中缺乏代表投资基金利益的董事，难以保证董事会的决定符合基金持有人利益。基金管理公司的董事会只负责公司股东的利益，所以在目前的体制下，尽管基金管理公司的董事会被赋予保护投资者利益的责任，但在利益上并不代表基金持有人的利益。因此当基金管理公司的股东，与持有人的利益发生冲突时，他们必然会最终只代表基金管理公司股东的利益。其次，监事会本身不具有独立性。在基金管理公司中监事会要么是公司的职工，要么是公司的股东与所管理的基金及持有人存在利益冲突。再次基金管理公司监督实际效果不佳。我国对基金管理公司督察员任职要求过于笼统和泛化，没有相关法律法规做出明确规定，且我国的督察员在履行职责地往往受到大股东、董事会或经理层的牵制，地位并不超然，另外在基金治理中缺乏有效的激励制约机制，因此督察员效果大打折扣。
（四）基金托管人独立性差
赋予托管人以监督管理人的职责是我国基金构造的重要内容，但在我国的基金实践中这种监督实效大打折扣：第一，基金发起阶段通常是基金管理人或其关联方作为发起人选任托管人，托管人的地位缺乏独立性必然导致其监督的软弱性。第二，基金托管业务目前已成为商业银行一项新的表外业务和利润增长点，市场竞争日趋激烈，银行（托管人）为抢占市场份额，在利益驱动下，有可能纵容、迁就基金管理人的违法违规行为，影响其监督效果。第三，目前的基金投资运作，是基金管理人直接通过席位到交易所进行交易，在基金的买卖交易指令下达到之前不经过基金托管人的监督，因此基金托管人的监督只能是事后监督，大打折扣。[4]第四，托管费一般是固定比例，托管人对管理人的监督与托管费收入没必然联系，会导致托管人怠于对管理人的监督。
