（一）基金持有人利益代表缺位
在基金发起阶段，基金合同的拟定缺乏基金投资者的声音。实践中是以基金发起人代表持有人与基金管理人及托管人签订基金契约。但是基金发起人却很难代表投资者的利益，在基金的实际设立过程中表现为作为基金发起人的证券公司既是基金的发起人，也是该基金管理公司的发起人，同时也是该基金发行的协调人，与基金管理公司有极强的关联性，有的发起人就是基金管理公司自己，从而形成自己委托自己的问题。各种发起设立事务集中于证券公司或其设立的基金管理公司，从而形成设立主体的交叉重叠和基金财产的委托过程流于形式，这种架构设置很不利于对基金管理人的选聘和监督。
（二）基金持有人的监督乏力
在基金运行阶段，基金合同生效后，基金持有人就不能直接干预基金的管理和运作，只能通过基金持有人大会行使监督权。由于理性冷漠和搭便车等集体行动悖论的存在，致使基金持有人大会往往流于形式，在已召开的持有人大会上往往出现以下问题：
首先是剥夺基金持有人的提案权。基金法只规定持有人的表决权和召集权，并未对基金持有人的提案权加以规定，现实情况是现场开会，由召集人宣读提案。通信开会，由召集人提前10天公布提案。持有人大会的提案权全部在召集人即基金管理人。其次是参加人数过少，据统计，泰和基金管理公司在2001年1月8日召开的第二届持有人大会上，参加人所持基金份额只占基金总份额的16.1%，而在2000年3月初的安信基金第一次持有人大会上，有效表决票21621.89万，只占基金总份额的10.81%。基金管理公司可轻易控制对基金重大事项的表决，造成基金治理的内部人控制问题。
证券投资基金法在两个方面试图解决这些问题，一是降低了基金持有人大会召开门槛和表决事项的通过门槛，如第72条规定代表基金份额百分之十的基金份额持有人可召集基金持有人大会，第75条规定大会就审议事项作出决定只须参加大会的基金持有人所持表决权的百分之五十即可。二是赋予基金持有人大会的形式的灵活性，第74条规定可采取现场方式召开也可采取通讯方式召开，包括网上和电话方式，降低了持有人的维权成本。可预见基金管理人和托管人会越来越多地受到来自基金持有人的直接压力。
