学者的批评意见都集中在独立董事与监事会职能不清，可能会导致叠床架屋。所以，要对独立董事制定合理的制度设计，就必须处理好独立董事与监事会的关系。
(二)独立董事与监事的比较
关于独立董事与监事会的关系，理论界主要有两种观点。一种观点认为二者在制度构成与制度功能上均有不同，故二者的存在可以并行不悖，并且可以实现功能上的互补；一种观点则认为二者在功能构成上是不容的，在功能上是重叠的。
主张互补的学者认为，就二者的功能而言，独立董事大多具有专业特长和丰富的商业经验，能够为公司带来多样化的思维，有助于实现公司决策的科学化。因此独立董事并不仅限于监督功能，同时还具有一定的战略功能。比较而言，监事会的功能在局限于单一的监督功能。[7]就监督功能而言，独立董事的监督作用主要体现在董事会的决策过程中，这是一种事前和事中的监督。而且，这样的监督主要是针对大股东与公司间及公司董事与公司间的关联交易，从而保证公司决策层决策的公正性，所以，独立董事一般不去核查公司的财务账册。[8]这项职权是属于监事会的。而监事会主要是一种事后监督，因为监事会虽可列席董事会会议，但并无议决权，不可能事前否定董事会决议。总之，监事会监督具有较为显著的事后性、被动性特点。[9]此外，二者监督的超然性程度不同。英美独立董事在一定程度上积极参加公司决策，难免使他们认同作为同事者的管理层的决定，而另一方面法律有要求他们将执行董事看作监督对象而非看作同事，这就易诱发职责不清、监管不力的弊病。这一矛盾在单层结构的董事会中难以解决。而监事不必积极参与公司决策，负责把握公司方向，并且不会持续与公司管理层打交道，他们因此可以采取超然的视角并只关注监督。[10]正是因为二者可以实现制度功能上的互补，立法也可以明确定位二者不同的功能，协调好关系。如有人提出监事会的职能应当定位于两个方面，一是对公司财务的监督，二是对董事和经理业务行为合法性的监督。在监事会之外，独立董事的职能应定位于对董事、经理业务行为妥当性的监督，从而发挥其在公司战略决策、长远发展等方面的“专才作用”。[11]
主张不容的学者认为，独立董事制度产生与普通法为主体的英美法国家，我国公司法采用的是大陆法系“三角制”组织结构体系，监事会是作为专门维护股东利益、监督董事会履行股东大会决议、监督董事和经理的常设机关而存在的。在此前提下，我国再引入独立董事制度，理论上必将在多个方面与现有的监事会制度发生冲突，甚至会削弱两者的功能发挥。同时，重新引入一种监督机制，还存在这公司监督权力资源如何分配，如何协调的问题。否则，可能导致多人监督实际上等于无人监督的现象，或者产生多人监督会阻碍公司经营效率的问题。[12]
