2、申请恢复执行原生效法律文书的期限问题。最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第267条规定:申请恢复执行原法律文书，适用民事诉讼法第二百一十九条申请执行期限的规定。申请执行期限因达成执行中的和解协议而中止，其期限自和解协议所定履行期限的最后一日起连续计算。"由于该条司法解释在措词上不严谨，使得实际操作中产生了许多问题。有的当事人多次和解多次反悔，致使案件久拖难以执结;有的当事人在即将执结时又突然和解，导致法院大量人力、财力和诉讼资源的浪费;还有的当事人虽然达成执行和解协议，但把履行的期限拖的很长，法院也只能中止执行。上述现象的存在，给一些意图赖债的债务人找到了躲避法律制裁的依据。
3、执行和解协议其他不容忽视的问题。
当前在执行和解中存在着以下不容忽视的问题：一是有些被执行人采取“假和解”乘机转移财产逃避制裁，故意拖延履行义务，损害债权人的利益。二是执行不力，违法调解。三是违背当事人意愿，强行和解。四是违反程序，执行“和解协议”。五是执行和解程序的不透明以及监督的滞后，很容易引发腐败现象。六是立法没有赋予法院对执行和解协议的实体内容进行必要审查的权力。
（七）协助执行制度亟待加强，司法冲突尚无规范的解决机制
民事诉讼法和《执行规定》，对法院在民事执行中需要他方协助执行的事项均有规定，但不够系统全面，有的规定操作起来很困难。由于协助执行制度上的缺陷，在执行实践中需要其他单位协助执行时，有的单位不积极履行协助义务；有的单位表面上协助，暗地为被执行人出谋划策，帮助被执行人逃避执行；有的单位甚至与被执行人一起直接抗拒法院的执行等。
人民法院在民事执行中根据调查或当事人举证，经审查认为是被执行人的财产，可以进行查封、扣押、冻结，进行强制变价或将财产抵付申请执行人，但有时会出现这样一种情况，公安或检察机关在刑事犯罪侦查过程中，认为有关财产不是被执行人的财产而是刑事案件受害人的财产，应予追缴，从而也实施查封、扣押、冻结措施进而追缴该财产退给受害人。这就出现了对同一项财产不同司法机关作出了不同认定，从而产生了强制执行与刑事侦查中追赃的司法矛盾和冲突。
处理民事强制执行与刑事侦查中追赃的司法冲突，目前尚缺乏明确具体的法律规定，通常作法是由上级机关协调处理。这种协调处理机制的缺陷是：协调工作缺乏必要的程序保障，工作难度大，缺少必要的约束力。协调以各机关的相互认可为前提，如果两个机关各执一词，没有最终的裁决机关，那么所涉案件很可能是不了了之或久拖不决。因此，涉及与公安、检察等其他执法机关在刑事、行政案件中的争议，矛盾解决制度以及刑事与民事案件区分的实体规范需要进一步明确。为确保人民法院顺利执行案件，应确立一套切实可行的程序，
（八）执行救济制度存在许多疏忽之处
在民事执行程序中，由于国家公权力的介人，私权在某些方面有受到不法侵害的危险。执行救济制度便是在执行当事人或案外人因违法或不当强制执行行为而受到侵害时所设立的一种权利救济制度，当今世界，“没有救济就没有权利”已成为各国法学界所公认的准则，它是矫正违法执行行为，维护当事人、案外人的合法权益，实现民事执行程序的功能与价值的重要保障。可以说，没有执行救济，就无法实现民事执行的实体公正与程序公正。
