2、损害当事人的权利
（1）损害当事人的人身、财产、精神权利
当事人享有及时获得裁判、终止诉讼的权利，以便使当事人能及时从事其他的活动。但是，刑事灰色不裁判的行为，则使当事人不能获得裁判，以致案件久拖不决。一方面，会使当事人的人身权利受到损害。因为对于被告而言，在裁判没有作出之前，都处于诉讼阶段，此时，其人身自由处于被限制或者剥夺的状态。再则，因诉讼的长期存在，为了维护自己的合法权利免受损害，则会使当事人支付较为高昂的律师费用与日常生活费用。同时，会使当事人双方的精神状态得不到及时有效的抚慰。因此，灰色不裁判的行为会损害当事人的人身、财产、精神权利。
（2）损害当事人的诉讼权利
刑事诉讼是当事人权利与国家权利交替进行、相到促进的过程，在此过程中，任何一种权利都以其他权利的行使为前提，否则，权利就不可能得以行使。而刑事灰色不裁判的行为，则使当事人丧失了行使权利的前提，以致于当事人各方不能行使后续的诉讼权利，导致其权利受到严重损害。
诉讼过程中，为了使当事人的权利得到适当的保护，法律规范中应设立相应的救济性措施，但是，由于刑事灰色不裁判的内容未在法律上反映出来，因而，没有设立相应的救济措施。从而使当事人的权利不能得到救济。
3、损害国家利益
公正与效率是现代司法的两大主题。刑事灰色不裁判是一种不裁判的行为，后果是使特定的刑事诉讼行为久拖不决，显然，在刑事诉讼行为的延续过程中，国家也要花费巨大的人、财、物力，易言之，刑事诉讼的效率降低了，有悖于效率原则的要求。在具体案件的处理过程中，体现法律规范的法律精神是司法的第一要义，而且，每一个裁判内容与诉讼行为都应当是符合法律精神要求的，但是，刑事灰色不裁判的行为，则使法律规范中的效率精神未能体现出来，即使裁判结果是公正的，也是一种迟到的公正（无论对国家利益，还是对当事人利益，都是一种迟到的公正），而且，刑事灰色不裁判的行为，使程序法律中的法律精神与实体法中的法律适用内容，不能在具体的案件的处理中体现出来，从而成为一个不公正的内容。
公正与效率内容的缺陷，一方面，使法律规范的严肃性、权威性受损害；另一方面，则会使公民对司法机关的地位、作用产生不当认识；这两种因素的存在都可能使国家的管理职能有被削弱的危险，从而导致国家利益的损害。
