为了改变国有企业持续经营不善的状况，为了迎接中国加入WTO后参与国际市场竞争的挑战，1999年9月中共中央十五届四中全会提出，把健全法人治理结构作为建立现代企业制度的核心，2000年10月中共中央十五届五中全会又强调，健全企业法人治理结构是深化国企改革的一项重要任务，这表明公司治理结构开始进入不断完善的新阶段。
随着我国国有企业改革进入攻坚阶段，企业制度创新势在必行。针对公司治理结构存在的问题，国家有步骤地采取措施加以解决:一是制定和修改一系列公司规章、制度:2000年，废除了公司上市指标制；2001年1月，颁布了上市公司治理指导意见；8月，颁布了引进独立董事的指导意见；2002年，中国证监会出台了《上市公司收购管理办法》、《上市公司股东持股变动信息披露管理办法》，并颁布了5个与之配套的文件；2001年3月，证监会发布了《亏损上市公司暂停上市和终止上市实施办法》。这些规章和制度，对上市公司治理结构产生积极影响。二是优化股权结构。2001年6月，国务院发布了《减持国有股筹集社会保障资金管理暂行办法》，试图在市场上减持法人股、国有股，但因政府对价格波动的担忧而暂停新股的发行和增发，国有股依靠存量发行的方式减持没有成功。2002年底，中央政府又宣布一项新政策，即向合格的外资机构出售国有股和法人股。2002年11月，中国证监会与中国人民银行联合发布了《合格境外机构投资者境内证券投资管理暂行办法》，准许得到国际认可的大型金融机构在中国建立基金来收购和出售A股。三是改革国有资产管理体制。中共十六大提出要建立中央和地方两级国有资产管理体制，设立中央和地方两级国有资产管理机构后，2003年6月，国务院公布了《企业国有资产监督管理暂行条例》，建立了中央政府和地方政府分别代表国家履行出资人职责，享有所有者权益，权利、义务和责任相统一，管资产与管人、管事相结合的国有资产管理体制。国资委、各地国有资产监管机构也相继出台了一系列法规、规章、制度，国有资产监管的法规体系基本形成。此外，国务院国资委还发布了《地方国有资产监管工作指导监督暂行办法》，逐步理/顷和规范了国资委系统内的指导监督关系。四是修订《公司法》。2004年初，国务院法制办启动新一轮《公司法》的修改工作，2005年7月5闩完成草案的起草工作，10月27日《公司法》修订案在十届全国人大常委会第十八次会议上获得通过。新《公司法》新增一人有限责任公司形式，上市公司新增独立董事制度。在公司治理结构上，新《公司法》对董事长的权力形成了更高程度上的制衡，突出体现了我国各界对公司治理结构中权力制衡的重视；为保护中小股东的利益而增加了股东权力；加强了监事会以及监事的职能；确立了董事会秘书制度和董事回避制度。《公司法》的修改，为公司治理结构的完善提供了方案和制度保障。五是实行股权分置改革，实施管理层股权激励。2004年8月开始，在经济理论界与实业界的“郎顾之争”、产权改革的大讨论后，针对流通股和非流通股的同股不同权、同股不同利的状况，2005年8月，证监会、国资委、财政部、人民银行、商务部等五部委联合发布了《关于上市公司股权分置改革的指导意见》，开始分批进行上市公司股权分置改革，消除非流通股和流通股的流通制度差异，同时，实施管理层股权激励。2006年1月，证监会出台了《上市公司高管股权激励试行办法》，也明确了实施管理层股权激励办法。六是实施国有股“减持”新政。2007年7月，国资委和证监会联合发布了《国有股东转让所持上市公司股份管理暂行办法》、《国有单位受让上市公司股份管理暂行规定》、《上市公司国有股东标识管理暂行办法》等三个文件。新规定的出台，既达到保持国有经济控制力，维护证券市场稳定的目的，又基本解决了困扰多年的国有股减持问题，被称为国有股“减持”新政。
