在这一时期，计划经济体制被破除，市场经济不断发展，建立现代企业制度成为国有企业改革的方向。随着《公司法》和《证券法》的先后颁布，现代意义上的公司从无到有、从少到多、从不规范到逐渐规范。实行公司制改造的国有企业根据我国《公司法》的规定，按照公司章程，参照国际惯例，建立了相应的公司治理结构。
公司治理结构的架子虽然搭起了，但关于公司治理结构方面的立法和运作的实际效果还存在不少问题。第一，股权结构不合理。国有股比重过大，社会公众股过于分散，缺乏有实力的机构投资者，造成国有股“一股独大”，“大股东控制”或“内部人控制”现象严重。第二，董事会职能虚化。在法人控股的公司，由于法人股的股东代表常常为兼职人员，被选为公司董事和董事长后；不能全身心投入工作，致使公司董事会不能正常运转，导致投资者对经营者的约束力严重不足，董事会的经营决策权、业务执行权落入经理层手中，经营者往往运用手中掌握的经营决策权来谋求个人和小集体利益的最大化，从而侵害了所有者的权益和导致了企业运营的低效率。第三，独立董事不独立。大股东凭借其优势地位，或者尽一切可能地排斥独立董事，限制其作用的发挥，或者推荐、扶持对自己友好的独立董事，这样，独立董事束缚了手脚，难以保证独立董事的独立性，使这种用意良好的治理形同虚设。第四，监事会的地位低下和职能弱化。监事会虽然在法律地位上与董事会不相上下，但实质权力较少，在公司运作过程中难以发挥实质性作用。同时，由于监事身份不独立，很难代表股东的利益监督董事会和经理人员。监事会也缺乏有效的监督手段，难以得到充分的知情权、建议权、财务检查权。第五，经营者的激励、约束欠缺。企业经理人员的任免和考核标准没有真正和企业经理人员的升迁与企业绩效相挂钩，经理人员的行为短期化现象十分普遍。同时，由于没有建立对经营者的在职消费有效控制的机制，经理人员中不乏乱中谋利、忘乎所以者。第六，“新三会”与“老三会”相融困难。国有企业改制后的“新三会”与国有企业改制前的“老三会”之间在一定程度上相互抵触，矛盾更经常交替出现。
三、以企业制度创新为重点的改革时期，公司治理结构不断完善
