由于别除权的优先受偿权在重整程序中受到限制，不能及时行使，这将产生物权担保与保证担保在清偿顺序上新的冲突。在重整程序中，当一项债权既有物权担保又有保证担保时，负连带责任的保证人以及被依法取消先诉抗辩权的负补充责任保证人均应立即履行保证责任。但由于物权担保受限不能及时行使，保证人又只对物权担保以外的债务承担责任，仍享有对物权担保的先诉抗辩权，而在物权担保行使之前又无法确定保证担保的责任范围，从而使债权人对保证担保的权利行使也受到阻碍。这时需要解决的问题是，债权人能否要求保证人履行其保证责任。如果不能对保证人行使权利，这将使债权人在债务人丧失清偿能力时，由于多设置一重物权担保反而使保证担保不能实现，显然是有违担保设立之本意的，还可能因拖延而超过保证期间，使保证丧失时效；如债权人可以对保证人行使权利，又如何解决保证人对物权担保的先诉抗辩权。
笔者认为，解决问题的原则是，债权人有权要求保证人履行其保证责任，而保证人对物权担保的先诉抗辩权也应获得保障。据此，应由保证人先履行保证责任，清偿全部债务，然后取得别除权人的代位求偿权，加入破产程序受偿。这一解决方案是较为公平、合理的。首先，它保证了债权人对保证人的到期权利及时得以行使，同时也没有加重保证人的责任。因为在该债权没有物权担保的情况下，破产重整程序的启动使保证人应当立即履行保证责任（即使是负补充责任的保证人也丧失其先诉抗辩权，成为连带责任人） 。也就是说，保证人的先行还债是其法定责任。其次，它通过给保证人以代位求偿权、让其自己行使担保物权的方式，从而切实保证了保证人仅对物权担保以外的债务承担责任。
四、别除权人的破产申请权与债权人会议成员资格
（一）别除权人是否享有破产申请权
各国破产法学界对别除权人是否享有破产申请权有两种主张。一种观点认为，别除权人的债权有担保物担保，其受偿不受债务人是否破产的影响，原则上没有必要赋予其破产申请权，否则，便可能出现无利害关系人对破产申请权利的滥用。主张仅在担保物不足清偿其担保债权的情况下，允许别除权人提出破产申请。另一种观点认为，在别除权人也属于破产债权人的前提下，其作为一般债权人的基本权利不应因有担保物反受限制，更何况还存在担保物不足清偿担保债权的可能，所以别除权人也应享有破产申请权。但对破产人以其财产为他人担保的情况，别除权人无破产申请权。因为提供担保的破产人本身并不是担保债权的主债务人，别除权人只对破产人的特定财产享有担保上的优先受偿权，对破产人并无债权权利。
在司法实践中，债务人丧失清偿能力时，别除权人通常可从担保物中获得优先清偿，没有必要浪费时间、精力去申请债务人破产。但是，出于某些特殊的利益考虑，如挽救合作伙伴、排除竞争对手等，也不能绝对排除别除权人提出重整或破产申请的可能。须注意的是，在别除权人放弃优先受偿权或担保物的价款不足以清偿其担保债权时，可以行使破产申请权，但此时其是以无担保债权人的身份提出破产申请，与别除权人有无破产申请权的问题无关。
