债务人财产（或破产财产）是由管理人负责管理的。在担保财产纳入债务人财产之后，与之相关，便产生了管理人对担保财产发生的管理费用以及相关管理报酬的支付问题。担保财产的管理费用包括担保物的变价费用等为实现担保债权而直接、间接发生的种种费用，均应当由担保财产的变价款中优先支付，对此应无疑义。如果管理人对担保物的管理、维护、变价等工作付出合理劳动，可以向别除权人请求支付一定的报酬。这是费用性担保优先于融资性担保原则的体现。但需注意的是，如果担保物是由别除权人自己占有、保管、维护的，甚至是以担保物直接抵债的，管理人未付出劳动，则无权要求支付报酬。此外，对别除权债权的审查、确认工作，管理人不得要求支付报酬，因这是为管理人利益发生的、与别除权债权清偿无关的费用。
（三）别除权与抵销权的关系
别除权与抵销权都是具有保证债权人在特定范围内优先受偿性质的权利，但从对债权人利益的实际保护看，抵销权的作用可能更大一些。在享有别除权时，债权人还可能因担保物灭失、变价价款不足等原因得不到完全清偿。而在行使抵销权时，债权人从被抵销的债权额中可获得全额清偿，没有损失风险。
通常情况下，主要是普通破产债权人需要行使抵销权，别除权人因对担保物享有优先受偿权，不通过抵销权也可以优先实现其权利。但是，对债权进行抵销显然要比对担保物进行执行更为方便，更易于实现权利，所以是否允许别除权进行抵销，如何抵销，是立法与执法中必须解决的一个问题。有的学者认为，“抵销权只能由破产债权人行使??与破产人充抵债务的债权，须是在破产宣告前成立的无财产担保的债权。”[3]笔者认为，此种观点缺乏法律依据。无论是民法上的抵销权，还是破产法上的抵销权，债权是否存在物权担保、是否有优先受偿权均不是其构成或排除要件，能否行使抵销权与抵销之债权有无优先受偿权无关，所以应当允许别除权人进行抵销。
由于别除权人对担保物的优先受偿权和抵销权都属于优先权性质，在优先权涉及的债权范围内都可以得到全额清偿，对破产财产及其他债权人的实际影响相同，所以在这两项权利的行使上不必有强制性的先后次序之分。由于别除权人抵销的债权是可以通过对担保物的执行全额获偿的债权，所以从性质上讲，别除权人的债权抵销属于民法上的抵销。
由于破产法不准管理人主动主张对无担保债务抵销的原因是会因此导致破产财产减少，与管理人之职责不符，而别除权人债权的抵销对破产财产没有实质不利影响，所以，管理人可以主动主张对别除权人债务的抵销，并藉此收回担保物。
破产法对抵销权的禁止性规定原则上不适用于别除权范围内的债权抵销，但是，超出物权担保能够受偿范围的债权部分不在此列。此外，别除权人的抵销权也必须在破产清算分配之前行使，以免延误破产程序进行。
（四）别除权之优先权
各国破产法规定，别除权之优先权的行使不受破产清算与和解程序的限制。因物权担保设立之目的，就是为在债务人失去清偿能力时，仍能使债权人从其特定担保财产上得到优先清偿。如在债务人破产即丧失清偿能力最为严重的情况下，有物权担保的债权人的优先受偿权利反而受到限制，那就与立法之宗旨及当事人设立担保的本意相违背了。此外，由于别除权人优先受偿权的行使不会影响其他破产当事人的正当权利，也不会影响到破产程序的进行，所以各国破产法均承认别除权人有不受破产清算与和解程序限制，单独、及时优先受偿的权利。有的学者反对别除权不受破产程序限制的主张[4]，笔者认为，这种观点是不能成立的，其对问题的理解过于狭隘。所谓别除权不受破产程序限制，与“在破产程序之外行使权利”、“不依破产程序受偿”的表述是有一定区别的，它并非是指别除权的行使、实现与破产程序完全无关，这在实践中往往是不可能的，尤其是在管理人占有担保物的情况下，而是指别除权的行使不受破产程序中各种限制权利行使条款规定的约束，至于其他一般管理性规定仍可能对别除权的行使产生影响。
