2. 税收来源和归属的背离制约资本市场的发展，与企业并购市场化的趋势格格不入。目前在涉及跨地区的企业并购中，首先就会碰到企业税收收入划分的难题，在不同地区的地方国有企业之间、中央国有与地方国有企业之间，以及不同级别的国有企业与集体、私营企业间的企业并购重组常会由于涉及不同地方利益的分配而受到人为阻滞。税收来源于归属的背离是造成这一现象的主要原因。[6]首先，我国现行企业所得税是按企业预算级次、投资主体、所有制性质划分中央收入和地方收入，由国家税务局与地方税务局分别征收管理。即中央企业和中央企业参股企业相当于参股比例部分的所得税收人属于中央收入，地方企业和地方企业参股企业的相当于参股比例部分的所得税收人属于地方收入；中央企业和中央参股的企业的所得税由国家税务局负责征管，其余企业的所得税由地方税务税局负责征管。这种按照企业隶属关系划分收入归属权和征管权的做法，尽管在当时的背景下有其合理性，也确实曾一度带动了我国经济的发展，但其局限性也越来越突出，最重要的一点就是难以克服长期以来形成的地区割据、经济封锁，地区间的税收竞争，也不利于政府财力的提高。而且随着市场改革的进一步深化和各种方式的产权重组的进行，企业隶属关系几经调整变得日渐模糊而复杂，很多企业的资本构成已呈多元化格局，很多股份制企业究竟算中央企业还是地方企业，很难确定，造成国税和地税部门在征管权上的扯皮，给所得税实际征管带来许多困难。
其次，我国目前基本上都是按照企业注册地缴纳企业所得税。问题是在企业设有诸多分公司和子公司的情况下，许多经营活动则是由分公司或子公司完成的，但税收却由分公司或子公司汇总由集团公司总部统一向其注册地政府交纳， [7]随之而来的问题是，由于企业并购和重组，原来部分具有独立法人地位的企业，在企业合并后变成了新组建的企业集团的分支机构，而其所在的生产和经营地反而却得不到税收利益，从而产生地方政府的严重抵触心理，甚至人为设置种种障碍，使并购活动无法进行。为此，国家税务总局副局长许善达先生在2006 年7 月9 日举行的第三届民营企业家大会上不无感触地说：“在我国，税收来源与归属背离造成税收分配不合理，致使企业重组和资本市场受到制约”。[8]
3. 增值税和营业税两税并存、平行征收的流转税体系，有悖于我国鼓励跨行业资本流动的政策意图，制约着纵向并购和混合并购的推进。我国1994 年税收制度改革中最大的举措应当是流转税的改革，改革后的流转税体系主要由增值税和营业税组成，两税平行征收。其中增值税为中央和地方共享税，税收收入的75 %归中央财政，25 %归地方财政；营业税则为地方税，税收归属地方财政。在我国并购市场为单一型的“优吃劣”的横向合并模式下，其对资本市场的不利影响表现得并不明显，对中央和地方利益的触动也不很突出。
因为在横向合并的情形下，增值税的课税对象与营业税的课税对象在重组后基本上仍能做到泾渭分明，相互混合的现象并不明显。但随着纵向并购和混合并购行为的增加，现有的税收体系设计的不足就会充分暴露出来，因为企业纵向合并和混合合并的结果必然会带来税收收入的转移。从企业并购的实践来看，企业的横向并购与混合并购通常发生在大型的生产或销售性企业和零散的、小型的服务性企业之间。其结果一般是大型的生产或销售性企业将零散的、规模较小的运输、建筑、娱乐等服务性企业合并为自己的一个分支机构，重组后的企业仍然是以生产、批发或零售为主，兼营某些劳务的企业。而根据我国《增值税暂行条例》的规定，对于以从事货物生产、批发或零售为主，兼营非应税（指增值税） 劳务的企业的混合销售行为，视为销售货物，征收增值税。这意味着被并购企业的劳务性收入对并购企业的生产销售收入的稀释作用十分有限，在并购之后，往往并不能够改变并购企业的增值税纳税人身份，这样地方主体税种之一的营业税的课税对象就转变成为共享税的课税对象，资本流动也就带来了税收收入的转移。而在地方本位利益地驱动下，地方政府就不可避免地会存在阻止合理性资本流动的倾向，从而不利于企业之间的跨行业并购与重组。
