刑事诉讼以打击犯罪为目的而展开，但它对公民的基本权利造成了严重的干预。在刑事诉讼进程中，逮捕、拘留、搜查、扣押、监听等强制性措施的采用，构成了对公民人身权、财产权、隐私权的巨大威胁；而被告人一旦被判决有罪，将面临着被剥夺自由、财产乃至生命的严重后果。在刑事诉讼中，国家专门机关如果滥用权力，将会导致宪法所保障的公民基本权利成为一纸空文。现代刑事程序的重点在于建立防止国家刑事追诉权、惩罚权被滥用、防止公民权利被侵害的装置，以保障被追诉的对象获得公正的审判。
与刑事司法国际标准相比，我国现行刑事诉讼法在保障最低限度的程序公正方面还存在着一定的差距。吸取历史的经验教训，立足于维护国家的长治久安，必须认真践行法治国家原则，培育社会的法治文化，扎扎实实推进国家的法治进程，而刑事诉讼法的再修改是其中的重要方面，因为刑事诉讼法被称之为“宪法的测震仪”、“应用之宪法”、“宪法之施行法”、“法治国之大宪章”。
刑事诉讼原则决定着刑诉法修改的基本方向，是确立具体的法律制度和规则的基础。随着我国改革开放和刑事法治建设的发展、随着我国先后签署了《禁止酷刑和其他残忍、不人道或有辱人格的待遇或处罚公约》、《公民权利和政治权利国际公约》以及其他的国际性文件，我国刑事诉讼法的原则体系面临着调整与完善的问题，一些国际通行的刑事诉讼原则有待纳入其中。
首先是应当明确规定无罪推定原则。我国1996年修改刑事诉讼法时增加了第十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”，这体现了无罪推定原则的精神；刑事诉讼法第一百六十二条第二项，还专门规定了对指控证据不足的应当作出无罪判决的要求，这也是无罪推定原则精神的反映。但第十二条的规定只是一个有限的进步，因为根据立法机关的解释，该规定是以认为无罪推定与有罪推定都是错误的认识为前提的。无罪推定原则现已成为世界各国在刑事诉讼中普遍遵循的基本原则，《世界人权宣言》、《公民权利和政治权利国际公约》均规定了这一原则。在我国，由于我们对于无罪推定原则的基本精神缺乏正确而充分的认识，导致在立法和司法实践中并没有真正地、完全地贯彻无罪推定原则。类似于佘祥林、赵作海案是其典型表现。我国刑事诉讼法不仅应当明确规定无罪推定原则，而且在修改其它章节时，应当贯彻无罪推定原则的各项具体要求。
