对别除权人的债权在破产程序中是否允许进行抵销的问题，有的学者认为，“抵销权只能由破产债权人行使??与破产人充抵债务的债权，须是在破产宣告前成立的无财产担保的债权。”[4]此种观点无法律依据。无论民法上的抵销权，还是破产法上的抵销权，债权是否存在财产担保、是否有优先受偿权均不是其构成或排除要件。故只要该债权不在破产法禁止抵销之列，就可享有抵销权。由于别除权人对担保物的优先受偿权和抵销权都属于优先权的性质，在优先权涉及的债权范围内都有全额受偿的权利，对破产人财产的实际影响相同，所以在权利行使上没有先后次序之别。
由于别除权人抵销的债权是可以通过对担保物的执行全额优先获偿的债权，其抵销对破产财产没有不利影响，故其抵销属于民法上的抵销。所以，管理人可以主动提出抵销。但管理人可主动主张抵销的范围应限定在担保物可能的市场变价价格之内，即抵销对破产财产无不利影响的范围内。破产法对抵销权的禁止性规定原则上不适用于别除权的债权抵销，但超出物权担保范围的无担保债权除外。
对主张抵销的破产债权是否也应经过申报、确认，各国立法规定不一。有的国家立法规定，用于行使抵销权的债权无须申报债权，如德国旧破产法（第53条） 。我国台湾学者也主张，行使抵销权的债权无需申报债权[5]。但我国破产法未规定抵销的债权可免予申报，所以，抵销权人也须申报债权。破产抵销权必须在破产最终分配确定之前行使，以免延误破产程序的进行。
二、特殊破产抵销权的行使
（一）附期限债权的抵销
在破产程序中，附期限的债权可以进行破产抵销。如我国台湾地区破产法第113条第2款规定：“破产债权人之债权为附期限或附解除条件者，均得为抵销。”债权人之债权附有期限时，在扣除未到期之利息后可以与破产人之未附期限的债权抵销。反之，债权人之未附期限的债权也可以与破产人之附期限的债权进行抵销。这时，破产人之附期限债权为计息债权的，计算至抵销之时；其债权为不附利息的债权时，不再作利息扣除，视为债权人放弃期限利益。
但在重整程序中，为保障挽救债务人之目的实现，通常认为，债权人附期限而未到期的债权不能进行破产抵销。如果因此使债权人的抵销权受到实质性不利影响，当事人可以向法院申请不受此规定限制。
（二）附条件债权的抵销
一般而言，附条件的债权可以进行破产抵销，但为维护公平，也会受到一定的限制甚至禁止。债权人之附解除条件的主动债权处于生效状态，可以主张破产抵销。但由于其债权可能因解除条件成就而消灭，所以，应当就债权的抵销数额提供担保，或者按债权的抵销数额提存相应的货币，以确保其债权因解除条件成就而消灭时，管理人能够及时收回财产。在破产最终分配除斥期限届满时，附解除条件的债权其解除条件仍未成就的，抵销产生确定性效力，债权人提供的担保或提存予以解除。
