《意见》第2条共有2款，其第1款规定：行政执法部门依法收集、调取、制作的物证、书证、视听资料、检验报告、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录，经公安机关、人民检察院审查，人民法院庭审质证确认，可以作为刑事证据使用；第2款规定：行政执法部门制作的证人证言、当事人陈述等调查笔录，公安机关认为有必要作为刑事证据使用的，应当依法重新收集、制作。之所以对行政执法机关收集、调取的证据作出上述区别对待，主要是因为证据的性质不同。行政执法部门依法收集、调取、制作的物证、书证、视听资料、检验报告、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录，具有较强的客观性。具体来说，书证、物证和视听资料，其本身属于一种客观存在的原始资料，并以其存在形式、外部特征、内部属性或所在内容证明案件事实；检验报告、鉴定结论是专业人员依据其专业知识或特殊技能对案件中某些特定事项形成的意见和结论；勘验笔录、现场笔录是行政执法人员对勘验过程、执法现场的客观记录，以其记载的内容证明案件的部分事实，并具有一定的不可复制性。对于这些证据，公安机关、人民检察院在办理侵犯知识产权犯罪案件中，经过审查，认为符合证据的3个基本属性，即客观性、关联性、合法性，就可以作为刑事证据使用，而不需要再重新予以收集、调取；在审判阶段经过人民法院庭审质证确认，可以作为定罪量刑的依据。而对于行政执法部门制作的证人证言、当事人陈述等调查笔录，由于取证的主体是行政执法部门，且属言辞证据，可变性较强，在办案中，公安机关认为有必要作为刑事证据使用的，则必须依法重新收集、制作。
关于办理侵犯知识产权刑事案件的抽样取证问题和委托鉴定问题。
《意见》第3条对办理侵犯知识产权刑事案件的抽样取证和鉴定问题进行了明确。
1．关于抽样取证。在办理侵犯知识产权刑事案件中，证明涉案产品是否构成侵权盗版是案件办理的重要环节。但实践中，公安机关查扣的侵权、盗版产品往往数量巨大。鉴于我国行政法规中已有关于抽样取证及具体程序的明确规定，公安机关在办理侵犯知识产权刑事案件过程中，可以根据工作需要，依据相关规定进行抽样取证，或委托相关行政执法部门依法进行抽样。抽样取得的证据可用于认定涉案物品是否侵权，或请有关部门给予检验、鉴定以取得检验报告、鉴定结论等证据。采取抽样取证在提升执法效率的同时，也可避免执法人员因无法一一辨别大量的涉案物品而主观臆断，确保公正严格执法。
2．关于鉴定。侵犯知识产权刑事案件大多涉及经济、技术领域内的专业知识，公安、司法机关办案人员难以仅凭自身知识水平作出科学结论，需要委托国家认可的有资质的鉴定部门等对有关专业问题进行鉴定。目前，最高法院和省级司法行政部门分别建立了鉴定人（机构）名册制度。公安机关、人民检察院、人民法院在办案过程中可以从最高法院、省级司法行政部门公告的鉴定人名册中选择鉴定机构委托鉴定，以保障鉴定的质量和鉴定结论的证据效力。
同时，鉴于案件当事人往往是该技术领域的专业人员，十分了解鉴定中涉及的相关专业性问题，为充分保障当事人的诉讼权利，保证公安机关、人民检察院、人民法院对鉴定结论的审查更科学、准确，《意见》第3条第3款规定，公安机关、人民检察院、人民法院应当根据案件办理的需要，适时听取权利人、犯罪嫌疑人、被告人对鉴定结论的意见，并可请鉴定机构作出相应说明。
关于侵犯知识产权犯罪自诉案件的证据收集问题。
根据最高人民法院《关于执行刑事诉讼法若干问题的解释》的规定，人民检察院没有提起公诉、被害人有证据证明的轻微侵犯知识产权犯罪案件，属于人民法院可以直接受理的自诉案件。然而，从司法实践反映的情况看，侵犯知识产权犯罪自诉案件的数量非常少，其中一个重要原因就是知识产权权利人在自行取证方面存在相当的难度，通常难以达到法律规定的证据要求，人民法院也难以受理此类自诉案件。为了切实维护自诉人的合法权益，解决自诉人在取证方面的现实困难，最高人民法院在《关于执行刑事诉讼法若干问题的解释》、《全国法院维护农村稳定刑事审判工作座谈会纪要》等规范性司法文件中都明确了自诉人在一定条件下可申请人民法院调取证据。为更好地保护知识产权权利人的合法权益，《意见》第4条在现有规定的基础上，进一步突出了自诉人享有的诉讼权利，强化了人民法院依申请调取证据的职能作用，明确了人民法院依法受理侵犯知识产权刑事自诉案件，对于当事人因客观原因不能取得的证据，在提起自诉时能够提供有关线索，申请人民法院调取的，人民法院应当依法调取。
