通过前述比较，可以看出“公司法人格否认”制度和一人公司“法人格滥用推定”制度的适用条件大不相同。不过，二者的区别绝非仅限于此，适用条件的不同其实暗含着二者逻辑基础和推理机制的不同。所谓“公司法人格否认”，是在普遍承认并尊重公司法人独立地位和股东有限责任的前提下，在特定的债权债务关系中否认债务公司的独立人格，令其股东对公司债务承担连带责任，以免债权人的利益因为股东滥用公司人格的行为而受到损害。可见，“公司法人格否认”是以承认公司具有独立的法人人格为前提条件的，换言之，公司具有独立的法人人格是“公司法人格否认”的逻辑基础[8]。公司的独立人格意味着公司的独立责任和股东的有限责任，即原则上应当是公司独立承担民事责任，而股东仅以其出资额为限对公司承担责任。在这样的前提下，在个案中有确切证据证明股东滥用了公司人格并损害了公司债权人利益的，才可以否认该公司的独立人格，进而判令滥用公司人格的股东对公司的该项债务承担连带责任。简言之，公司法人格独立是一般原则，“公司法人格否认”只是一种例外；股东承担有限责任是原则，承担连带责任是例外[9]。
然而，一人公司“法人格滥用推定”的推理机制则刚好相反，即首先假定一人公司的股东滥用公司人格，并据此要求股东提供证据来证明自己没有滥用公司人格；如果股东不能证明自己没有滥用公司人格，就推定股东滥用了公司人格，股东就必须对公司债务承担连带责任。按照这种逻辑，一人公司股东承担有限责任变成了“例外”，即只有在股东能够证明自己没有滥用公司人格的情况下，才能享受有限责任的待遇；股东对公司债务承担连带责任反倒成了常态，成了“原则”，即只要股东不能证明自己没有滥用公司人格，就要对公司债务承担连带责任。更糟糕的是，《公司法》第64条把股东能否“证明自己没有滥用公司人格”，异化为股东能否“证明公司财产独立于股东自己的财产”，进一步增加了证明的难度，也进一步加大了股东承担连带责任的可能性。
众所周知，公司的独立责任和股东的有限责任是公司制度的当然内涵，而且两者相辅相成，互为一体：公司独立承担民事责任意味着股东只承担有限责任，反之，若要股东对公司债务承担连带责任，则意味着公司不能独立承担民事责任。而根据法人制度的一般原理和我国《民法通则》第37条之规定，“能够独立承担民事责任”是法人的必要条件，或者说能否独立承担民事责任是判断一个团体是否具有法人资格的最终标准[10]。从这个意义上讲，一人公司“法人格滥用推定”制度让股东对公司债务承担连带责任成为原则和常态，其实就是不承认一人公司在常态下的法人资格。而根据公司法的一般原理，法人资格本是“公司”概念的应有之意，即依法设立的公司理所当然地具有法人资格，否则就不成其为“公司”。因此，一人公司“法人格滥用推定”制度不承认一人公司在常态下的法人资格，说到底就是不承认一人公司的“公司”身份，或者说其实质就是没把一人公司当“公司”。
