第一，按照法律规定，存在债权债务关系并非是认定“与本案存在利害关系”的唯一条件，必须同时存在“可能影响其忠实履行管理人职员”，方能认定为存在利害关系。由于证券投资者保护基金公司具有特殊的公共性职能，因此其担任管理人并不会影响到其忠实履行管理职责。另一方面，在风险证券公司的行政清理程序中，由于存在“政府有关部门、编入管理人名册的社会中介机构、金融资产管理公司”多种主体，彼此有效制约保护基金公司很难做出影响其忠实履行管理人职责的事情。
第二，证券投资者保护基金公司的组织结构、专业水平、资金能力在证券公司破产案件中具有相当优势。
即使保护基金公司不宜担任管理人，也可以通过推荐管理人，从而对管理人形成有效的制约，使其公正、高效履行其职责。
（二）证券投资者保护基金公司在债权人会议和债权人委员会中的角色
即使不能担任管理人，基金公司还可以通过新《破产法》赋予普通债权人的权利来发挥职能作用，维护自己的合法权益。
1．通过参加债权人会议及其常设机构参与破产程序
根据新《破产法》的规定，保护基金公司作为普通债权人，有权参加债权人会议、通过债权人会议制度维护自身合法权益。
（1）申请人民法院更换管理人
根据《最高人民法院关于审理企业破产案件指定管理人的规定》第31、33条的规定，行使《企业破产法》第22条第2款的权利，即债权人会议认为管理人不能依法、公正执行职务或者有其他不能胜任职务情形的，可以申请人民法院予以更换的权利。其程序应由债权人会议作出决议并向人民法院提出书面申请，人民法院在收到债权人会议的申请后，应当通知管理人在两日内作出书面说明。人民法院认为申请理由不成立的，应当自收到管理人书面说明之日起十日内作出驳回申请的决定。人民法院认为申请更换管理人的理由成立的，应当自收到管理人书面说明之日起十日内作出更换管理人的决定。[2]此举可以有效制约管理人，使其能够公正、高效履行职责，切实保护包括保护基金公司在内的债权人利益。
