（3）形成行业垄断。公司之间的交叉持股可以建立策略联盟，维系彼此之间的生产、供销等关系，以强化竞争优势，但同时它可能造成垄断联合，特别是在具有竞争关系横行的公司之间，利用交叉持股可以产生排挤其他竞争对手，牟取垄断利润的行为。此外，因交叉持股而形成的封闭的市场格局，也造成资本市场并购机制无从发挥作用，使得其具有资源调配功能无法实现，继而也无法对管理层形成外在压力，不利于其改善管理效率。
（4）诱发内部控制。由于一公司对另外一公司的股权属于资产管理范围内的经营行为，因此无论按照哪一个国家的公司法规定，这一股权中所包含的表决权都是由公司的管理层所行使的。那么在交叉持股的情况下，相互交叉持股的管理层为了换取对方管理层的“合作”，往往会将自己持有对方表决权委托给对方管理层代理行使，这就导致彼此的管理层对自己的公司享有一定的表决权，在交叉持股比例不是太高时可能不会产生太大影响，但是在股权分散且交叉持股较高时可能就会形成管理层的自我控制。
特别是这种情况出现在母子公司之间时，情况将更为严重。因为当母公司管理层控制了子公司，反过来子公司对母公司的表决权也是间接受制于母公司的管理层，此时就会形成完全由母公司管理层控制两个公司，而股东的意志无从体现。
（5）铸就股市泡沫。对于上市公司而言，交叉持股会使得二级市场的股价升降对彼此公司的盈亏产生极大的助推作用，继而形成环环相扣的多米诺骨牌效应。以日本股市为例，交叉持股使得相关企业在牛市中涨幅巨大，三菱重工和新日铁在1987-1989年的三年大牛市中，远远跑赢了日经指数，但是据日本彭博社2008年5月26日报道，日本野村控股公司最新统计显示，上一财年（2007年4月至2008年3月），日本公司相互持股的操作共造成32亿美元投资损失。由于东京交易所指数下挫29%，有130家公司宣布证券投资亏损，10倍于前一财年。
在我国台湾地区，据相关人员统计，自台湾“经济部”宣布子公司买入母公司股票不违法《公司法》后，通过子公司买进母公司股票的34家上市公司中有12家公司出现了财务吃紧甚至宣布重整的危机。[4]
我国上市公司在去年的牛市行情中，也出现了因为交叉持股造成股价大幅上扬的现象。以中国平安与中国人寿的交叉持股为例，到2007年8月中旬，平安共持股国寿2565.3万股，占国寿总股本的0.1%，持股市值达9.04亿元；国寿共持股平安1332.96万股，占平安总股本的0.19%，持股市值达到6.27亿元。两只股票的股价近两个月中累计涨幅均已超过50％，其中与其交叉持股的贡献不无关系。就我国目前实施的新会计准则更加容易使得交叉持股式的股权投资泡沫化。因为根据《企业会计准则第22号———金融工具确认和计量》，对于交易性金融资产，取得时以成本计量，期末按照公允价值对金融资产进行后续计量，公允价值的变动计入当期损益。按照这一规定，上市公司进行短期股票投资的，将不再采用原来的成本与市价孰低法计量，而将纯粹采用市价法，此举将使上市公司在短期证券投资上的损益浮出水面，也就意味着这些交叉持股公司面临价值重估机遇。
正是因为上市公司之间的交叉持股会形成这种独特的弊端，各国一般对上市公司的交叉持股规制远远严格于非上市公司的交叉持股。
