本文将主要讨论两组也许是最亟待解决的合伙企业的税收问题：(1)所得性质的上传（pass-through of the character of income) , (2)所得和亏损的分派(allocation of income and loss)。这两组问题的解决，是确立合理的对企业以及外商合伙人征收所得税制度的前提。笔者将阐明这样的观点：为了使合伙成为具有吸引力的商业组织形式，中国需要出台大量的新的税收制度；但是在旧制改新时，必须谨慎地控制改革进度，有些在经济发达国家的做法（如将亏损分配给合伙人）并不能任意移植，因为他们将带来税务机关目前无法应对的法律问题。
下文第一、二部分分别讨论上述的两组问题。第三部分讨论一个在理论上更为简单，但在合伙企业税制法律建设中更为基本的问题，即合伙企业税制应该适用于哪些企业形式。对这一问题财税部门目前还没有透露出明确的、令人信服的观点，而回答这一问题时若有失误，无疑会给推进合伙企业税制的进程带来不必要的困难。本文第三部分将对此问题作出论证。
一、所得性质的上传
1．所得性质对企业及外商合伙人的重要性
所谓所得性质（the character of income)，是指所得税中因为需要按不同的规则处理而对所得作出的分类，比如利息、股息、租金、特许权使用费、资本利得等等。损失的性质有时也同样重要：某些税法规则对资产转让的损失（甚至其中股权转让的损失）的处理与其他损失的处理不同。对所得（或损失）的性质是否从企业（如合伙企业）“上传”这一问题的含义可作如下解释：当合伙企业取得一项收入、并将该收入分配或分派[7]给合伙人时，从合伙人纳税的角度出发，该项收入的性质与合伙企业最初取得的这项收入的性质是否一致。例如，如果第三方向某合伙企业支付十万元利息，该企业将其分配给某合伙人，是否应当视为该合伙人取得了十万元利息收入。[8]
为进一步说明所得性质上传的概念，我们可以分析与其相反的概念。适用旧的合伙企业所得税规定时，通常情况下，所得的性质并不上传。这是因为，个人合伙企业的所得作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产、经营所得”应税项目缴税。若合伙企业取得租金、特许权使用费、财产转让所得等，并将其分配给个人合伙人，这些所得将全部转换为单一性质的所得—个体工商户的生产、经营所得。按现有法律规定，适用于租金、特许权使用费、财产转让所得等项目的个人所得税税率为20%，而个体工商户的生产、经营所得适用5%-35％的五级超额累进税率。所以，虽然旧《合伙企业所得税规定》的出发点是不对个人合伙企业征收企业所得税，但是对于合伙企业的投资者来说，是直接还是通过合伙企业取得以上这些收入，税负差别极大。
旧《合伙企业所得税规定》的上述规则有两个例外。国家税务总局《关于＜关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定＞执行口径的通知》（国税函[2001]84号）规定：合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不计入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得缴纳个人所得税。也就是说，利息和股息收入的性质得以通过合伙企业上传至合伙人。换言之，所得在分配给合伙人时性质保持不变。
不言而喻的是，企业作为合伙人，从合伙企业取得的收入不能作为“个体工商户的生产、经营所得”纳税。那么企业合伙人从合伙企业取得的收入应作为何种项目纳税？如果换一个角度，我们需要回答：所得（或损失）性质的上传对企业合伙人意义何在？实际上，这是一个非常重要而且波及面相当广的问题。
一者，我们注意到新的《企业所得税法》第26条将企业某些收入列为免税收入，包括国债利息收入、符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，以及在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益。举例而言，如果某公司通过一家合伙企业间接持有股票（或国债），而该合伙企业将股息（或国债利息）分配给该公司时，该收入不再作为股息（或国债利息）对待，那么企业的该项收入就不能作为免税收入。所得性质不上传也就会导致企业不通过合伙企业持有股票或国债。
