但是，实践中也存在着检察机关为求胜诉或规避诉讼风险而策略性地运用分案起诉的现象，如下一则案例：
[案例1]1996年至2006年，王某等3人在担任全资国有公司某汽车服务公司总经理、副总经理期间，违反国家有关管理、使用国有资产的规定，集体讨论决定将某保险公司支付给该公司的车辆保险返还款共计人民币200余万元存放于帐外，并自1998年起以单位名义将其中的人民币170余万元用于发放职工奖金。后案发，检察机关以王某等人涉嫌私分国有资产罪对其立案侦查。在侦查终结移送审查起诉时，公诉部门对该案的定性即王某等人的行为是否属于私分国有资产产生了分歧意见。一种意见认为，因分给职工的奖金存放于帐外，属于预算外资金，故根据国务院发布的《关于加强预算外资金管理的决定》和财政部《预算外资金管理实施办法》的规定，国家机关、事业单位、社会团体和企业主管部门可以用预算外资金发放奖金、津贴等福利开支。因此上述以单位名义发放给职工的奖金属于单位的正当福利发放，不属于私分国有资产，故建议不提起公诉；但另一种意见认为，判断发放给职工的奖金是否属于国有资产的性质，不能以其列于预算内外为标准，关键是考察奖金的来源、发放的程序，因为根据《公司法》的规定，公司税后利润中提取的公益金方可用于发放职工奖金等福利开支。而本案中涉案的用于发放的奖金均是从汽服公司投保返还款截留于帐外所得，仍是基于国有资产投资收益所得，同属国有资产，不能私自用于发放奖金。因此，建议对该案提起指控。该案经检察机关公诉部门内部充分讨论后，支持起诉的意见占了上风，遂决定提起指控，但出于稳妥考虑，同时决定分案起诉，即先对王某（总经理、党总支书记）提起指控，如果法院认同检察机关的意见，判决被告人王某犯罪成立，再起诉其余同案犯。后检察机关以王某涉嫌私分国有资产罪提起公诉，经法院审理，认定检察机关指控罪名成立。检察机关随即对其余2名同案犯以相同罪名提起了指控，仍获法院支持。在该案中，3名被告起诉前均已到案，严格讲，并不符合《人民检察院刑事诉讼规则》第二百八十条所规定的分案起诉的条件，但检察机关为求胜诉仍策略性地采用了分案起诉的方式。在这种情形下，分案起诉遂成为检察机关为求胜诉而灵活采用的一种公诉策略。
从实践中的情况来看，除共同犯罪案件外，还有一些情形即在牵连犯罪案件中，检察机关也经常策略性地运用分案起诉。所谓牵连犯罪，并非刑法上的牵连犯，而是指在案情上相互牵连的犯罪，例如对合性犯罪（典型如受贿罪与行贿罪）、本罪及其派生犯罪（典型如盗窃罪与销赃罪）。对于牵连犯罪案件，因为其案情相互牵连、彼此可以互相印证，因此，原则上应当并案起诉，由法院并案审理。但实践中，检察机关在没有把握胜诉的情况下，往往也会对牵连犯罪案件采取分案起诉的策略。例如，对于受贿罪与行贿罪，本属牵连犯罪，按照诉讼法原理，两案应当并案起诉，并由法院并案审理，以便于受贿人与行贿人对质并借此查明案件事实。但如果检察机关对被告人行为的定性即是否构成受贿尚存疑虑，则往往不会径直将受贿罪与行贿罪并案起诉，而是会策略性地选择受贿罪或行贿罪中的一罪先行起诉，待探明法院“态度”（是否定罪）后，再决定是否对相牵连的犯罪提起指控。检察机关的策略逻辑是，由于牵连犯罪之间的高度相关性，法院一旦认定先行起诉的犯罪（如行贿罪）成立，则不可能不认定后续起诉的犯罪（如受贿罪）。
检察机关采用分案起诉的公诉策略，目的有二：一方面，采用分案起诉策略的案件，往往都是存在一定法律争议的案件，在没有先例可循、没有与法官达成共识之前，检察机关更倾向于“谦抑”，即谨慎地行使起诉权，避免轻易发动刑罚权；另一方面，也是为规避诉讼风险，法律分歧和争议较大的案件，极易导致法院作出无罪判决，而在我国司法实务中，法院的“无罪判决率”，是评价、考核检察机关及检察官个人工作绩效的重要负指标，一纸“无罪判决”，可能导致上级检察机关对本单位及办案检察官个人工作绩效和工作能力的负面评价，已经成为整个检察机关及检察官个人不可承受之“重”。因此，为避免法院对这类存在法律争议的案件径直作出无罪判决，检察机关在起诉时，往往不得不采取分案起诉的策略，以全案中的一人或一罪先行起诉、试探法院的“口风”，若法院支持并定罪，则对同案犯追加起诉或另案起诉，若法院不支持，则对同案犯不再起诉（不起诉或退回公安机关另案处理）。
（二）选择起诉
所谓选择起诉，是指在共同犯罪案件或者牵连犯罪案件中，检察官有选择性地仅对部分被告或者同一被告的部分犯罪事实提起指控。在疑难、复杂案件中，正确辨别、区分各个行为人的刑事责任进而选择恰当的罪名提起公诉，这是检察机关的法定职责和义务。例如，被告人为想象竞合犯、牵连犯时，检察机关即需要根据刑法的规定（如牵连犯“从一重罪处断”的原则），选择恰当的罪名对被告人提起指控。又如，在共同犯罪案件中，检察机关亦需要根据刑法规定正确区分主犯与从犯，如果从犯情节轻微，具备不起诉条件的，检察机关即应当选择对主犯提起指控，同时对从犯作出不起诉处分。
但实践中，在案犯人数较多或者案情较为复杂的案件中，检察机关也经常策略性运用选择起诉的方式处理案件。从司法实务的作法来看，在以下三类案件中，检察官经常会运用选择起诉的策略：一是在共同犯罪（包括“数人共犯一罪”、“数人共犯数罪”、以及“连环共同犯罪”[1]）案件中，所有同案犯均构成犯罪，但检察机关有选择性地仅起诉了部分被告人；二是在牵连犯罪（如前述受贿罪与行贿罪、盗窃罪与销赃罪、毒品犯罪与洗钱罪等）案件中，本罪与派生犯罪、前罪与后罪均构成犯罪，但检察机关仅选择性地起诉了部分被告人；三是在“一人犯数罪”的案件中，虽然被告人所犯数罪皆构罪，但检察机关仅对其中部分犯罪事实提起了指控。
