总之，上述五种商业秘密侵权损害赔偿的数额计算方法，形成了一个较为完整的体系。人民法院在司法实践中对这些计算方法并不是随意取舍，而是按照一定的先后顺序加以采用，具体表现为：以《反不正当竞争法》第20条规定的赔偿方法为指导原则并优先采用，以各种变通的方法为补充，以定额赔偿为最终的保留，对于商业秘密侵权损害赔偿的各种计算方法，应当以能够确定权利人的实际经济损失或推定损失的方法优先；无法确定的，才可以采用能够确定的侵权行为人的实际获利或能够确定的商业秘密许可使用费的方法，在上述各种方法均无法确定时，才最终采用定额赔偿方法，以切实保护商业秘密权利人的合法权益。
3、承担责任的方式
鉴于商业秘密的特殊性，为了及时有效地防止商业秘密的进一步扩散，避免权利继续受损，单位在提起诉讼的同时可依据《关于贯彻＜中华人民共和国民法能则＞若干问题的意见（试行）》第162项的规定，向法院提出"先行做出停止侵害裁定"的申请。
4、举证责任：以“谁主张、谁举证”为主，以“举证倒置”为辅。
《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第十四条：“ 当事人指称他人侵犯其商业秘密的，应当对其拥有的商业秘密符合法定条件、对方当事人的信息与其商业秘密相同或者实质相同以及对方当事人采取不正当手段的事实负举证责任。其中，商业秘密符合法定条件的证据，包括商业秘密的载体、具体内容、商业价值和对该项商业秘密所采取的具体保密措施等。”
河南成务律师事务所的戚谦律师认为，在商业秘密侵权纠纷中，商业秘密权利人应能证明（1）自己合法拥有商业秘密，这主要围绕商业秘密的四个构成要件展开举证；（2）被告（职工）所使用或披露的信息与自己的商业秘密具有一致性或相同性； （3）被告有获取商业秘密的条件，主要应提供与职工签订的劳动合同、保密协议等证据。而作为被告须提供其所使用或披露的信息是合法获得或者使用的证据，若举证不能，则"推定"侵权成立。
