当商业秘密权利人与他人曾签有商业秘密许可使用合同时，可采用此种计算赔偿额。这是假定侵权人在正常情况下取得权利人商业秘密的许可使用时，其许可使用费应该是多少，再推定该数额为赔偿数额。但这并不意味着侵权人就此获得了商业秘密的合法使用权，侵权人在支付赔偿金的同时仍必须停止侵权行为。当然，使用该方法计算赔偿数额，还应防止商业秘密权利人与他人相串通虚构许可使用合同及许可使用费以向侵权人索取巨额赔偿。
（4）当事人自愿协商赔偿额。
司法实践中，人民法院一般允许当事人之间采取协商的方式来确定商业秘密侵权损害赔偿数额，即使最终协商确定的赔偿数额与权利人因被侵权所受到的损失或侵权人因侵权所得到的利益明显不对等。因为民事权利是一种私权，当事人有权决定自己合法权利的取舍。只要这种取舍不损害国家、社会或者第三人的合法权益。在以调解方式结案时，这种方法更为适用。
（5）由人民法院根据案件的具体情况酌情确定赔偿额，即定额赔偿。
在知识产权侵权损害赔偿中，经常出现原告的损失和被告的获利均无法查明的情况，司法实践中采取酌情赔偿的方法来处理。修改后的著作权法和商标法和专利案件的司法解释都规定了酌情赔偿的数额最高不超过50万元。对侵犯商业秘密案件的酌情赔偿问题，法律和司法解释都没有规定。最高人民法院副院长曹建明在2001年全国知识产权审判工作座谈会讲话中认为侵犯其他知识产权案件的酌情赔偿可以参照专利、商标、著作权的酌情赔偿标准，人民法院在司法实践中也采用这种精神。例如在佛山某医用导管有限公司诉南海某医疗科技有限公司、黄某等商业秘密侵权纠纷案中，几位被告使用了原告的技术信息以及经营信息商业秘密，生产出了中心静脉导管和血液透析导管两种产品并进行销售，佛山市中级法院认为被告分别生产、销售了两种侵权产品，故根据侵权产品种类分别酌情判赔50万元共计100万元，几位被告承担连带赔偿责任。广东省高级人民法院则认为，本案是商业秘密侵权纠纷，被告侵犯的是商业秘密而不是产品，在一件案件中的酌情赔偿数额，最高只能判决赔偿50万元。最后广东省高级人民法院根据二审查明的事实而改判为几位被告连带赔偿原告30万元。
