指令考虑到国际商业竞争力问题，为了不损害欧盟企业对第三国的竞争力，它对已达到环保目标的能源密集企业，或有效利用能源的企业提出了一些减轻税负的措施。同时，指令规定，成员国有权全部或部分退还那些对合理利用资源进行投资的企业所缴的税，对能源密集型企业可以100%退税，对其他行业可以达到50%以上的退税。
（五）过渡期
根据指令之前的有关决议，成员国有权在2003年12月31日前继续适用各种例外规定。有困难实施新的最低税率的成员国可以到2007年1月1日前继续适用过渡期的规定，以防止价格波动带来的负面影响。但指令明确规定，这些国家必须逐步缩小目前国内适用的税率与指令中规定的最低税率之间的差距，此项差距不得超过3%，直到过渡期结束时依照指令来调整其国内税率。对新成员国，依照2004年5月1日加入欧盟的新成员国的要求，欧盟委员会建议对这些国家进行过渡安排。[7]
三、指令颁布后的社会效应
（一）调整能源消费结构，提高能源利用效率
征收能源税的想法最先由英国经济学家庇古（Arthur C.Pigou，1877-1959）提出。他在《福利经济学》（The Economics of Welfare，1920）一书中指出，一个污染者需要负担与其排污量相当的税收，即庇古税，来弥补私人成本和社会成本之间的差距。对生产者来说，当其生产对环境构成破坏的产品的边际成本加上所负担的税收之和大于边际收益时，生产者会停止生产该产品，从而减少对环境的破坏；对消费者来说，如果这种破坏环境的消费行为所付出的包括税收在内的经济代价大于消费收益时，他也会自动放弃这种消费行为。庇古税旨在把外部成本内部化，以优化资源配置，提高使用效率。
指令对各种能源规定了较高的最低税率，从而使消费者在使用各种能源时，不得不进行成本核算，转而选择成本较低的环保替代品，促进了清洁能源的利用。这一点在引导汽车生产、汽车消费方面作用显著，汽车生产厂家将更积极采纳节油技术来提高市场竞争力，技术先进、耗油量少的环保型汽车将主导市场，相反的车型将被一步步淘汰出局；同时，更多人将以购买和使用节能型汽车为实现消费福利最大化之途径。
（二）实现经济和环境发展的“双重红利”
能源税“双重红利”理论的含义是，通过实施能源税，一方面将环境污染的外部成本内部化，促进能源的高效利用和环境的优化；另一方面，在增收能源税的同时，采取减免企业与个人所得税、投资税、储蓄税等税收措施，实现税收中性原则，减少对国家税收结构的扭曲，这样就能够从其他方面刺激投资和就业，推动经济增长，以弥补征收能源税所带来的部分经济损失。 [8]该理论与欧盟能源安全战略中奉行的经济发展与环境保护双赢的理念相一致，追求经济增长和环境保护在某种程度上并不必然发生冲突。[9]
指令颁布后，必将导致资源密集型产品和对环境有害的产品的价格上涨，使其消费量下降，进而使产量下降；同时，能源税中的减免税政策将对企业产生长期的动态激励，促使其把更多的资金投入到清洁生产技术和资源节约型技术的创新中去，这会起到显著的节约资源、提高资源利用效率和改善环境质量的作用。另一方面，政府在获得稳定增加的财政收入后，又可将这些财政收入充实到职工养老金中，使雇员和雇主同时减少对养老金的投入需求，而使雇员的工资有所增加。这样既促进就业率和企业投资增长，又推动了经济发展，增加了个人福利。
