我们认为，确定国有资本经营预算的编制主体，既是理论问题，更是实践中的体制选择、政治抉择的问题。国有资本经营预算相对独立的性质以及国资委的法定职责，都决定了国有资产管理部门应该成为国有资本经营预算的编制主体。尽管《预算法》确立了财政部门为政府预算的唯一编制主体，但该法颁布于1994年，当时的国有资产管理部门隶属于财政部，国有资产管理工作没有从财政中独立出来，因此，在当时的情况下确定财政部门为国有资本经营预算编制主体，应该是必然的选择。但在2003年国资委成立之后，作为专门代表政府履行出资人职责、负责监督管理企业国有资产的直属特设机构，国资委在国有资本经营预算编制中应当居于重要地位。
强调国有资产管理部门的重要地位，并不意味着国有资本经营预算的编制工作只能由国有资产管理部门负责，可以离开财政部门和其他部门来开展。财政部门在国有资本经营预算的编制工作中具有独特的作用。这是因为：第一，国有资本经营预算与公共预算之间具有密切的联系，两者在本质上，都是政府调节社会经济的工具，反映国家财力的集中配置和对社会财力的全面调节。特别是两者之间存在诸多科目衔接工作，因此，财政部门参与国有资本经营预算编制工作，可以更好实现两种预算的有机衔接，保证政府预算体系的完整性。第二，财政部门长期从事预算编制工作，富有丰富的信息资源、人力资本和技术优势，这可以为国有资本经营预算编制工作的科学有效开展提供支持。第三，从权力互相制衡、互相监督的角度看，财政部门对国有资本经营预算编制工作的参与，可以对国有资产管理部门起到一定的监督作用。第四，当前，财政部门和国有资产管理部门对于国有资本经营预算工作都有各自的主张和利益诉求。明确国有资本经营预算编制工作以国有资产管理部门为主要编制主体，形成国有资产管理部门与财政部门共同编制的格局，这是当前体制下形成共识合力、尽快推动国有资本经营预算工作开展的现实选择。第五，从理论上说，国有资本经营预算应该涵盖所有经营性国有资产，而我国目前的国资委并未负责监管所有经营性国有资产，金融性国有资产和行政事业单位的国有资产在其监管之外，而行政事业单位有一部分资产是以经营的方式在运行的。因此，国有资本经营预算如果将这些国有资产涵盖在内，则国有资本经营预算的编制主体更需要财政部门及其他相关部门的参与。
如果由国有资产管理部门和财政部门共同编制国有资本经营预算，如何分清各自的职权，明确责任，同时建立协调机制，避免相互扯皮推诿，则是需要依法予以解决的问题。
1．关于职责划分。政府职权法定是现代法治的基本原则。国有资产管理部门经法定授权，代表国务院履行出资人职责，对其接受委托的国有资产进行监督和管理，负责编制国有资本经营经营预算草案。财政部门依法负责编制公共预算草案。在国有资本经营预算编制中凡是涉及到与公共预算衔接的部分，财政部门应当参与，双方在草案编制过程中应当相互交换意见、沟通协商、形成一致。国有资本经营预算连同公共预算汇编成政府总预算。
