政府作为公共管理者与国有资产所有者两种职能的分离，要求相应建立独立于公共预算之外的国有资本经营预算，来全面掌握经营性国有资本的收入、支出。国有资本经营预算与公共财政预算是两种不同属性的预算。这种区别主要表现在：一是依据权能不同。国有资本经营预算依据的是国有资产所有权；公共财政预算依据的则是国家公共权力及其派生出来的对国民经济收入的分配和再分配权。二是目标取向及性质不同。国有资本经营预算是一种经营性资本的预算，具有盈利性，关注投资回报，强调国有资本保值增值和经济效益最大化；政府公共预算是为满足社会公共需要提供公共产品的预算，具有无偿性特点，强调的是实现最佳的社会效益。三是收入来源与支出结构不同。公共预算的收入来源是面向社会各相关主体征收的税款，支出结构相应地为满足公共需要，其规模必须严格控制在税费收入的范围内，保持公共预算的收支平衡；而国有资本预算的收入主要来源于国家以国有资本所有者身份取得的各种国有资本收益，包括国有企业上缴的利润、国有股份红利收入、国有资产产权转让收入等。国有资本预算的支出结构也与公共预算不同，其目的必须用于国有资本的再投入、扩大投资，这些支出包括对新建项目的资本金投入、向企业参股控股、对国家鼓励发展的建设项目进行贴息等。简言之，公共预算以税收为主要收入来源，以满足公共需要为主要支出，国有资本预算以国有资本收益为主要收入来源，以再投入、扩大投资为主要支出。[7]四是实施管理手段不同。国有资本经营预算中所有者与经营者之间以产权为纽带，体现的是平等地位的法律关系；公共预算中管理者与被管理者之间是不平等的行政隶属关系。[8]
长期以来，我国对国有资本经营收支没有单独编列预算进行管理，而是与经常性预算收支一起，混收、混用、混管，这种作法难以体现出政府作为社会公共管理者与国有资产所有者两种职能及其两类收支活动的运行特征。因此，建立专门的国有资本经营预算，以单独反映国有资本经营活动状况，确保国有资产保值增值和再投资的有计划进行，已成当务之急。将国有资本经营预算与政府公共预算分离，基本目的在于划分政府的资产所有者与社会公共管理者双重身份的不同属性和不同要求，把政府作为社会公共管理者征收的税收收入和作为资产所有者获得的资本经营收益，分别纳入公共预算和国有资本经营预算进行管理和使用，以期体现既有利于政企分开、政资分开，又有利于深化国有资产管理和营运效率改革的目标。[9]
国有资本经营预算与公共预算二者之间虽然在性质、价值趋向、运作方式和收支内容等方面存在差异，是两个相对独立的预算体系，但是公共财政和国有资本财政都是国家所进行的财政活动，国家作为共同的财政主体是唯一的。因此，国有资本经营预算和公共预算同属“一体”之下，同为政府预算的组成部分，具有一定的内在联系。第一，国家财政与国有资本经营之间存在税收缴纳关系。国有资本经营绩效必然影响到国家公共预算收人。国有资本经营得好，国有独资或者国有控股企业上交财政的税费自然就多，反之亦然。第二，国有资本经营预算与公共预算之间可以通过分别设置专门衔接科目，进行连接。按照预算收支平衡的原则，在公共预算有结余的时候，可以按照产业政策要求，实行转移支付，对国有资本财政进行投资。同样，为适应国有资本从一般竞争性领域退出的需要，国有资本经营预算的收入部分也可以依照相应的规定和程序流向公共预算，充实公共预算资金。例如，在我国经济社会改革向纵深推进的过程中，为支持改革而支付的成本使公共财政支出与社会保障支出面临巨大的资金缺口时，可以考虑按照量力负担的原则，由国有资本预算加以填补。这些缺口主要包括：各级政府承接国有企业剥离的社会职能必然加大公共财政支出；过去的积极财政政策形成的后续工程和稳健（中性）财政政策执行所导致的一定公共财政缺口；为化解基层财政风险而导致的潜在公共财政支出缺口；中央财政为降低国有商业银行金融风险而支付的成本等。[10]
