(七)认定难
即便有非常“明显”的证据表明被告人真的被打，被告人口供生成非法，庭审法官认定非法证据也有较多的顾虑。这是因为，由于我国侦、诉、审三机关“配合”关系远远大于“制约”关系，这种体制格局决定了审判阶段只是三机关配合作业的一道工序，并没有形成西方法治国家那种“庭审中心主义”。在这样的体制格局之下，庭审法官当庭或庭下认定非法证据，会遇到来自同级侦诉机关的阻力。再加上我国“事实审理权”与“事实认定权”的实质分离，庭审法官认定非法证据，还会遇到来自领导(庭一级)、领导的领导(院一级)、领导的领导的领导(地方分管政法工作的政法委)的“督促”、“过问”和“关心”。如果法官要认定一个案件当中存在非法证据，就意味着法官以及他所在的法院认为同级侦诉机关的工作有着不足、缺陷甚至有错误，这当然是侦诉机关所不能接受的，他们会想尽各种办法加强与法院的“沟通”与“协调”。这样法官认定非法证据就很难成为现实。
(八)排除难
即便法官认定了非法证据，要排除非法证据对于案件的实质影响也同样比较困难。其中有两个问题：一是对排除主体——法官而言，如果没有建立“预备法官”制度，实现预备法官与庭审法官的职能分离，庭审法官很难不受那些具有实际证明价值的非法证据的影响；二是对排除对象——非法证据而言，即便能够认定一份口供是通过刑讯逼供方式获取的，究竟是排除这份口供本身，还是排除这份口供所承载的案件事实内容以及以这份口供为线索所获取的其他证据，存在疑问。从非法证据排除的学理来看，按照日本学者田口守一的说法，非法证据排除的精髓，是要排除“根据违法侦查发现的证据而再次发现的证据(派生证据)”，[6]按照德国学者罗科信的说法，“一证据使用(证据力)禁止之效力亦深达间接取得之证据上”。[7]这两位学者的说法均表明，非法证据的排除在英美与大陆的实践中都有一个非法证据“波及效”问题，需要运用“毒树之果”理论排除非法证据及其派生证据。在我国，暂且不论通过非法口供所获得的实物证据这种类型的“毒树之果”，非法口供所承载的案件事实内容能否排除就是一个问题。犯罪嫌疑人被打以后可能会变得很“老实”，在本次交代和以后的交代当中都会保持供述内容的稳定性，甚至案件由侦查阶段转到审查起诉阶段，情况同样如此。如果我们只排除“打”了那一次的口供，而对于与被打这一次口供相同内容的其他多次口供无动于衷，那么非法证据排除规则那种通过规制取证权力滥用或者误用的立法目标就根本难以实现。
(九)协调难
非法证据排除规则的“严格”适用，即庭审法官认定了非法证据，并且保证不再受非法证据“波及”的案件事实范围的影响，从国外司法实践来看，易引发取证主体及其所在机关的抵触情绪，从而形成检警关系、检法关系的紧张局面。这在我国表现更为明显。我国的侦、诉、审办案人员，在侦、诉、审工作当中都有很强烈的“口供情结”，一旦排除非法证据，尤其是排除非法口供，那么同一案件的退侦、退查现象会大量出现，必然会影响案件的办案质量，在侦、诉、审工作的“配合”当中可能会形成较多的工作隔阂。
(十)配套难
这里所说的配套，包括原则的配套、制度的配套和成本的配套三个方面。(1)原则的配套：对于非法证据排除起支撑作用的原则主要有两个，一个是无罪推定原则，另一个是司法独立原则，这两个原则能够保证非法证据得到“实质”的排除，并且在实质排除以后，罪疑获得从轻或者从无处理；[8](2)制度的配套：包括同步录音、录像制度，律师在场制度，律师证据调查权限的扩大，讯问程序和搜查程序的进一步完善，等等；(3)成本的配套：包括讯问人员法律法规、讯问技法的学习培训，各种高技术含量检验方法对于口供调查办案模式的替代性运用，如DNA分析仪、测谎分析仪、带计算机程序识别和数据库的指纹比对仪、现场勘验所需的证据发现固定提取设备、各类先进的能谱仪光谱仪色谱仪质谱仪，即通常我们所说的“科技强警”、“科技强检”。只有当这些配套的原则、制度与成本得到明显的完善和提升，非法证据排除规则才具有比较广阔的适用空间。
