(四)举证难
刑事诉讼中的证据调查在我国的基本定位是侦查措施，它强调刑事诉讼中取证主体应当是具有侦、诉、审等国家公权力的公安司法机关。尽管有学者认为不能将刑事诉讼法第43条中“审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据”这一表述解释为刑事诉讼中的取证主体只有公安司法机关，辩方律师也应当具有调查取证的权利。[4]但是辩方调查取证的范围、对象和能力比较有限却是不争的事实。[5]此外更为重要的是，非法证据能够成立的关键证据表现在犯罪嫌疑人被“屈打成招”所留下的伤情，包括致命伤和非致命伤，这需要医学专家对被告人伤情的“即时”检查、固定和鉴定。但是在立法上，犯罪嫌疑人和辩护人没有直接委托法医等医学专家进行伤情检查或者鉴定的权限，只有有限的“申请补充鉴定或者重新鉴定权”，在司法实务中，犯罪嫌疑人在看守或者羁押场所“意外”受伤或者死亡，有关机关都不允许犯罪嫌疑人亲友家属“拍照”，对可能属于刑讯逼供的伤情证据进行固定。再加之前面所说的非法证据生成与控告之间的“时间差”，犯罪嫌疑人及其辩护律师欲成功地对“非法证据”的生成原因进行举证比较困难。
(五)调查难
由于在口供、证人证言、被害人陈述等言词证据和书证、物证等实物证据的生成过程中缺乏有效的监督机制，因而庭审法官要调查各类证据生成的“合法”与“非法”也比较困难。这主要表现在，讯问程序当中缺乏同步录音录像制度和律师在场制度，检察机关尽管在实务上针对职务犯罪的犯罪嫌疑人在讯问过程中要求进行同步录音录像，但在一些地方流于形式。这种难题在实物证据合法性调查过程中同样存在。现在的搜查程序中的见证人制度似乎没有什么实质性意义。在实务中，搜查程序中的见证人既不懂得有证搜查需要“令状主义”，需要用搜查证上的“搜查范围和理由”来限制搜查权力行使范围，也不懂得无证搜查需要紧急情况、被搜查人同意等种种前提才能进行，因而这种见证人制度的意义十分有限。因此，庭审法官调查证据生成合法性的办法比较少，既看不到可能存在的伤情鉴定材料，也无法辨明被告人说自己被打事实的真伪，更不可能像某些发达法治国家的做法那样，通过同步录音、录像证据或者在场律师、证人的见证调查证据生成是合法的还是非法的。
(六)对质难
在我国现有的庭审制度条件下，“最有效”的证据调查方法也许算得上直接要求讯问人员出庭，让被告人与讯问人员当面对质了。但这种犯罪嫌疑人和侦讯人员“一对一”的对质证据的查证，与贿赂犯罪当中行贿人与受贿人之间“一对一”对质证据的查证相比还要困难一些。原因在于，在大多数案件中作为可能遭受刑讯的被告人大多没有法律知识与技巧，更为重要的，他面对的是有可能与控方结成“同盟关系”的特殊证人——警察。非法刑讯的存在，对控方意味着案件无法顺利地“诉出去”，这是他出庭支持公诉工作的“意外”情况，因此在嫌疑人与讯问人员双方对质过程中，容易发生控方“帮衬讯问人员说两句”的情况，再加上辩护人“独立”的诉讼地位，对被告人帮助有限。反观行贿人与受贿人之间“一对一”对质证据的查证，控方与行贿人之间没有结成“同盟关系”的任何可能，这样的查证难度会小一些。此外，讯问笔录还常常存在讯问人员问“在本次讯问过程中你有没有被打”、犯罪嫌疑人答“没有被打”的记录，以证明本次讯问的合法性。其实，犯罪嫌疑人有可能在“被打”的情况下说出上述有违事实和本人意愿的供述。
