原则是明确的，然而在具体的公路工程建设管理权限划分上还是有许多模糊之处。正是因为如此，《国务院关于投资体制改革的决定》才会有“按照项目性质、资金来源和事权划分，合理确定中央政府与地方政府之间、国务院投资主管部门与有关部门之间的项目审批权限”的要求。然而尽管有要求，但并不能立竿见影，横向部门之间一直存在权限争议。例如公路工程项目的审批与资金管理，实际已由投资综合管理部门和财政部门进行。
在交通系统内部，纵向的权力配置也不够清晰。《公路建设监督管理办法》规定，公路建设监督管理实行统一领导，分级管理。县级以上地方人民政府交通主管部门主管本行政区域内公路建设监督管理。但实际上显然无法按照行政区域划分公路建设管理权限的。根据《中华人民共和国公路法》的精神，县级交通主管部门应当对境内县道、乡道公路建设管理负责。这是法定职责。县级交通主管部门是否有国道、省道公路建设管理职责，由省级人民政府确定。我省当前的实际，是从补助资金管理的角度，将重要县道的建设管理划归设区的市一级交通主管部门。同时，随着农村交通基础设施的发展和城乡公共服务均等化，村道公路已经纳入交通部门管理范畴。因此，县级交通主管部门有对重要县道以外的县道和乡道、村道公路建设监督管理权限。
在公路工程建设管理的手段上，交通主管部门主要是通过落实施工许可，施工图设计文件审查，办理工程质量监督、安全监督手续，工程建设合同备案，交工验收备案，竣工验收等法定制度，对公路建设项目进行监督管理。至于工程质量监控、现场安全施工等具体事务的管理，应发挥业主、监理和施工等参建单位的作用。交通主管部门的职责主要是宏观的监督，是有重点的抽查抽检，是事后依法追究责任，这与项目业主的管理、监理单位的监理和施工单位内部管理有本质的不同。由交通主管部门对具体的工程项目实施全过程全方位的控制是不可能的，也是没有必要的。
在公路工程建设管理中，建立工程质量安全监督管理机构越来越有必要。日益增多的公路工程项目、日趋规范的建设要求，使公路建设管理任务越来越繁重。由于人员编制、专业技术水平等方面的制约，交通主管部门自身几乎不具备履职能力，但又不能自行划转职责，让渡其法定行政权力。我区及其他部分县在交通主管部门内部建立了“质量监督组”之类的内设机构，由于没有独立开展工作的资格和承担责任的能力，也无助于增编扩充力量，因而毫无意义。将交通工程建设管理权力委托符合法定条件的事业组织行使，是解决问题的必选。
