（一）行政主体模糊，行政监管错位
《中华人民共和国公路法》第二十条规定“县级以上人民政府交通主管部门应当依据职责维护公路建设秩序，加强对公路建设的监督管理。”县级交通主管部门应当依法履行公路建设的行政管理职能。然而当前的体制下，政府部门的行政管理职能和具体公路工程项目的实施管理职能没能分清。交通主管部门既负责监管公路建设市场，又通过“工程建设指挥部”直接实施公路工程项目建设。行政管理主体与项目业主同位一体，标准的集裁判员和运动员于一身。交通主管部门履行公路工程建设管理职责的规范性，处理参建单位纠纷时的公正性，都难免受到质疑。同时，在公路建设监督管理中，自己监督自己，行政管理职能不能得到全面正确履行，不仅难以对项目业主和其他参建各方实施有效监管，自身也极易滋生腐败。专家对交通部门职务犯罪进行分析认为，多位一体的体制、不合理的权力配置方式为实施权钱交易犯罪提供了天然的犯罪温床。与行政主体模糊相联系的，是行政管理手段的弱化。施工许可制度、竣工验收制度是公路建设最重要的两项基本制度，也是公路工程建设行政管理的主要抓手。但这些制度的执行情况堪忧，行政主体法定职责未能全面正确地得到履行。同时，尽管监管力量十分薄弱，但主管部门仍将大量的精力投入到一些非法定的达标评比、劳动竞赛等活动中，忙于检查和应付检查，部分建设管理职能让渡给了“工程建设指挥部”行使。由于角色错位，本来与政府各有关部门同处行政机关地位的交通主管部门，正在逐步沦为行政管理相对人，行为方式越来越象项目业主，甚至是象“包工头”。
（二）项目法人缺位，责任难以落实
《中华人民共和国公路法》第二十三条明确要求，公路建设项目应当按照国家有关规定实行法人负责制度。项目法人的本质，就是要有能够独立承担民事责任的法人组织对公路建设活动负责。但当前充当项目业主的所谓“工程建设指挥部”无法胜任这一角色。大部分的“指挥部”是县级交通主管部门设立的，也有县级人民政府牵头组织交通等有关部门设立的，还有乡镇人民政府以及公路管理机构等事业单位设立的。或许是“指挥部”的名称威猛而神秘，一些企业也喜欢挂上“指挥部”的牌子。“指挥部”有为单项工程临时组建的，也有同时承担一批项目的。形式上越来越趋同于正规单位，通常下设综合、征迁、财务、工程质量安全管理等部门。其组成人员，有临时从政府有关部门临时抽调的，也有向社会上外聘的人员。但这些“指挥部”基本上都不具备法人的地位，不能对外独立承担民事责任。行政机关和事业单位设立的“指挥部”，未经编制管理部门登记，充其量也只是由红头文件设立的临时机构。；企业设立的“指挥部”，也未经工商管理部门注册，最多也是登记为分支机构。这类机构既无法人资格，也无从对建设活动负责，对投资效果负责。即使有“指挥部”实际为法人组织的，也由于项目法人责任制不落实，无法独立履行职责、承担风险。一旦在公路工程建设中出现质量、安全问题，很难清晰地追究责任。在工程建设中，对项目的质量、安全等各方面负总责的是项目法人；行政主管部门在行政管理中存在失误的，才承担相应的责任。有关方面已经发现了交通建设工程在这方面的问题。2008年4月29日《中国安全生产报》在头版发表题为《大桥通车在即，安全尚存问题》的报道，称浙江省安全监督局发现杭州湾跨海大桥没有实体的业主单位，存在管理对象缺位，安全生产责任主体无法落实。该工程名义上的项目业主宁波市杭州湾大桥发展有限公司是虚设的，而实际的建设主体宁波市杭州湾大桥工程指挥部却不是法律意义上的主体。在依法规范公路建设市场的今天，已经不该有“指挥部”的一席之地。
