(1)被告应对自己主张的程序事实承担证明责任
对一些由被告方主动提出的程序性事实，应当由被告方承担证明责任。被告人主张的程序事实，一般是被告方面独知或者证据距离较被告近，或者证据为被告所持有，根据公平、证据持有或者证据距离等因素综合考量，被告方对此承担证明责任。如关于耽误诉讼期间的理由事实，按照我国《刑事诉讼法》第80条的规定：“当事人由于不能抗拒的原因或者有其他正当理由而耽误期限的，在障碍消除后5日以内，可以申请继续进行应当在期满以前完成的诉讼活动。”该程序事实的提出，只有提出者才知道其延误期限不可抗拒的原因或其他正当理由，因此，应当由主张者承担证明责任。另外，被告人(犯罪嫌疑人)提出主张，认为自己身体状况不正常而需要引起程序变更的事实，应当由主张者承担证明责任。如被告人提出自己有精神病，不适宜接受审判，被告人或者犯罪嫌疑人提出自己正处在怀孕或者对婴儿的哺乳期等。
(2)有利于被告方程序事实的证明责任的例外(关于非法证据的证明责任承担问题)
在诉讼过程中，当被告人提出，刑事诉讼中控方所举的某项或几项证据是通过刑讯逼供或者通过其他非法手段取得的，主张应当按照我国《刑事诉讼法》第43条及有关司法解释所确立的非法证据排除规则予以排除时，就证据的合法性和可采性应由谁承担证明责任的问题，在我国尚无明确规定，司法实践中也不统一，为此，我们认为有必要明确予以规定。
在案件审理过程中，被告方就原告(控方)证据取得的合法性提出质疑，认为其证据系通过非法方式(主要是刑讯逼供)取得，应当予以排除，而控方则认为，其证据的取得系通过合法手段取得，双方争执不下，此时，由谁承担该问题的证明责任。如果按照一般的证明责任分配规则，“肯定者承担证明责任，否定者不承担证明责任”，应当由提出该质疑的被告人承担证明责任。但是，我们认为，对该程序事实，不能按此分配原则由被告承担证明责任，理由如下。
首先，程序事实审理和实体事实审理具有一定的差异性，台湾学者李学灯认为“程序法审理的对象均非被告，而系执法者。实体审判因被告破坏实体法益而审理；程序法争执系因执法者于执行法律时，违反程序规定而审理，在程序法争执部分，执法者常系执行公务，且未侵害实体法法益，故立法者对执法者程序违反之容忍性，常不同于实体法侵害，故立法者就程序法争执可能会设定不同之举证责任标准”[7]。程序法审理的首先是执法者(控方)执法行为的合法性问题。
