(一)关于实践用语的问题
首先，由于行政诉讼法明确禁止“调解”，各地法院没有突破行政诉讼法的规定，在实践中没有采用过“调解”的提法。其次，在和解与协调和解之间，法院系统还没有形成统一的认识，有的法院提出要引入和解机制，有的法院主张建立协调、协调处理或协调和解制度。不过，由于近年来最高法院对协调和解的大力倡导，目前多数法院采用协调和解的提法。
(二)关于协调和解的主体问题
相关的调研报告均反映行政诉讼协调和解的主体以人民法院为主，即行政诉讼协调和解是在人民法院的主持之下，并有法院主动协调和解的迹象。据镇江中院的数据反映，在271件撤诉案件中，由原告提出协调要求的为48件，由被告提出协调的56件，由第三人提出协调要求的为44件，由法院提出协调的为123件，占45. 4%。而山东高院经调查发现，行政诉讼中，由行政机关请求法院“做工作”和法院主动在原被告之间“做工作”促使原告撤诉从而终结诉讼的类型居多，并有不断增多趋势。
(三)关于协调和解的工作方式问题
综合各地法院的情况，行政诉讼协调和解在工作方式方面表现出以下特点：
1、强调合法性审查为前提。各地法院都认为，行政诉讼协调和解应当坚持具体行政行为合法性审查。如山东高院提出，在协调过程中，要监督被诉行政行为的合法性，保障相对人的合法权益；还如成都中院提出，协调要遵循合法性原则，协调不得违反国家规定，不得损害国家利益、社会公共利益和第三人合法权益。北京一中院也主张，协调时要充分保护第三人的合法权益，充分保障利害关系人参与法院协调的权利。
2、坚持当事人自愿为基础。如山东高院提出，行政案件协调处理以各方当事人的自愿为基础，无论是经法院协调解决，还是当事人自行协商解决，最终均由当事人自愿就实体权利义务关系达成一致意见。
3、协调和解贯穿诉讼始末。如镇江中院提出，把握一切有利时机促成和解。通过庭前协调、庭审协调、庭后协调的有机结合，使协调和解工作贯穿于诉讼的全过程中。如成都中院做法是，从立案开始直至裁判之前，对诉讼中的每一个环节都尽量为当事人创造协调环境，促成和解。
4、寻求支持协调特殊案件。如福建高院提出，要紧紧依靠党委领导，积极争取人大、政府对行政案件协调的支持和参与，对于涉及房屋拆迁、农村土地征用、企业转制、社会保障等群体性案件和政治敏感性强的重大疑难案件，主动向党委、人大、政府汇报，制定出最佳的协调方案，要争取党委、人大、政府的支持，并尽可能由其出面做好协调工作，协调好这类案件。如广东高院提出，根据案情需要，采取主动邀请地方政府、相关部门或组织甚至党委参与协调工作的方法，以更好地查清争议源头及影响范围，同时便于讲清政策、安定民心。必要时还可以邀请当地有威望、有影响的人士参与协调，用群众教育群众的方法，使当事人更易于接受法院的意见。
5、扩大协调范围解决纠纷。如广东高院提出，要延伸范围，标本兼治。将协调范围延伸至引发行政纠纷的民事领域，从直接满足原告的实质利益出发开展协调工作。在很多山林土地确权、专利侵权处理行政案件中，通过组织原告与第三人就补偿或赔偿等问题进行协商，在双方对民事权益分配达成一致意见撤诉后，一次性解决民事和行政两个争议。
(四)关于协调和解的案件类型问题
北京一中院反映，协调撤诉的案件主要集中于民行交叉的行政案件，这些案件主要涉及财产性纠纷，当事人大多享有较大的处分权，行政协调可施展的空间大，协调撤诉的成功率较高。成都中院反映，适用协调和解的行政诉讼案件类型主要集中在行政不作为、行政处罚、行政许可、行政强制、行政裁决和行政补偿六个方面，其中适用最多的为行政处罚。福建高院反映，可以采用协调处理的行政案件主要有行政裁决案件、行政自由裁量案件、不履行法定职责案件、行政合同案件、行政赔偿案件等。另外，从政治和社会稳定的角度分析，党委、政府交办的案件、涉及“三农”的案件、群体性案件、涉法上访的案件要尽可能进行协调。
(五)关于协调和解的结案形式问题
成都中院反映，从司法实践来看，通过协调和解结案归结起来有三种方式：一是由行政机关当场出具行政协调意见书，合议庭直接宣告诉讼程序终结，这种方式在司法实践中很少适用；二是由人民法院出具行政协调和解书，由当事人在该法律文书上签字生效，但碍于现行法律的限制，只有极个别法院有所突破；三是达成和解协议，记入笔录，由原告撤诉，法院裁定准予撤诉，依照的是行政诉讼法第51条的规定，这是多数法院采取的结案方式。宁波中院也反映，协调案件的结果，基本上均以原告(上诉人)撤诉为结案形式。
