近年来，各级政府官员的法律意识有所加强，依法行政也在稳步推进，法院依法裁判行政诉讼案件，支持政府依法行使行政管理权，同时维护与救济公民的合法权益，对政府依法行政发挥了重要的督促和推动的作用，对此应当充分肯定。但是，由于中国政治体制改革存在一定的滞后性，行政权的强大与司法权的较为弱势还是中国的政治现实。在这种情况下，人民法院应当更加注意强化对行政机关依法行政的监督。“大调解”形成人民调解、行政调解与司法调解联动的机制固然有利于加强调解能力与效果，但在其间也应注意两点：一是不应当因“三调联动”而损害人民法院“依法独立行使职权”，不要在社会上形成政府和法院坐一条板凳、是一家人的印象。既要注意纠纷处置上的“对接性”，又要注意作为不同主体的独立性。尤其是在行政诉讼中，二者是当事人和裁判机关的关系。不能因大调解中的对接性而混淆诉讼关系。二是不因推动“大调解”而忽视在行政诉讼中依法裁判的重要性。可以说，调解有利于化解矛盾，但对于行政机关依法行政和行政官员强化规则意识，依法裁判也许更为重要。
第三，应当注意司法程序的正当性，维系和发展这些年司法改革的成果。如果不能正确理解和适用调解手段，就会损害这些年司法改革尤其是审判方式改革的成果，使法院走回头路，减弱法院审判行为的正当性。这些年的司法改革，应当说取得了相当的成果。例如在司法理念上，无论是检察机关还是法院，都初步确立了程序与实体并重， （在刑事司法中）打击犯罪与保障人权并重的理念。同时，法院和检察机关在程序正当化方面的努力也推动了中国司法的法治化进程。例如刑事、民事审判方式的改革，加强了法院的中立性、独立性；当事人举证责任的强化，避免了法院代当事人举证，甚至在刑事诉讼中，由此而变相地成为控方从而导致角色错位的尴尬。举证时效制度等一系列审判程序制度的建立，虽然有时会因过分强调规则忽略老百姓对司法正义的朴素感受，不符合中国的现实国情，但应当说整体的改革方向是正确的，是符合司法规律，有利于建立公正、权威、高效的司法的。而调解虽有诸多积极意义，但如过分强调，过分追求调解率，势必弱化诸项程序规则，妨碍程序公正，过分影响诉讼效率。同时，我们如果将作为“大调解”基础的“能动司法”作错误的理解，认为可以在诉讼案件中不坚持审判的中立性与被动性，我们就可能走回不区分当事人与法院的职能，也不讲形式正义、程序公正的老路上，最后必然损害司法的公正与效率。
第四，应当注意维护审判权威，防止对司法公信力的损害。人民法院的审判是适用法律处理案件的活动，审判的权威就意味着法律的权威。目前，中国法院的权威与公信力严重不足，可以说，这已是不争的事实。因此今天应当尤其注意确立审判权威。
法院是裁判机关，它存在的本来意义是裁判纠纷，因此法院解决纠纷的主要手段应当是依法裁判。法治的基本条件，就是有一个强有力的裁判机构。如果脱离了裁判，法院必然会丧失权威性。张卫平教授称：“只有司法过程和司法裁判才是我们最好的‘老师’。没有或弱化了这一功能，也就谈不上真正的、充分的法治，以及法治的实现。法院的真实存在的主要价值是裁判，依据事实和法律进行裁判，通过裁判赋予形式法律以生命。调解有助于化解纠纷，但无法达到司法的这一功能。就法院的本性而言，法院当然不是，也不应当是国家的调解机构。”[3]他的说法是有其理据的。
