最后，需要承认的是，在刑事诉讼中，确实有些制度在保护犯罪嫌疑人、被告人的权利与保护被害人的权利方面可能发生冲突，但是，只要制度设计合理，这种冲突能够被控制在最低限度内。具体而言，保护犯罪嫌疑人、被告人的权利与保护被害人的权利可能发生冲突的主要有两项制度：一是沉默权制度，二是非法证据排除规则。犯罪嫌疑人、被告人享有沉默权对遏制警察采用刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法手段收集证据具有非常重要的意义，但由于犯罪嫌疑人、被告人供述是刑事诉讼中一种重要的证据或证据线索，犯罪嫌疑人、被告人保持沉默可能导致有些案件因无法收集到充分的证据以致犯罪人逃脱处罚，这对于保护被害人的权利显然非常不利；规定侦查机关采用非法手段收集的证据在审判过程中必须予以排除，这对于遏制警察采用非法手段收集证据也具有非常重要的意义，但是由于真实的证据被排除可能导致有些案件因证据不足以致真正的犯罪分子逃脱法网，这对于保护被害人的权利也非常不利。事实上，这也是我国实务界对沉默权以及非法证据排除规则持强烈抵制态度的主要原因。其实，这种担忧是没有必要的，因为只要制度设置合理，这些制度可能对打击犯罪、保护被害人权利产生的消极影响完全能够被控制在最低限度内。如前所述，就沉默权而言，由于许多国家在规定犯罪嫌疑人、被告人有权保持沉默的同时，又设置种种机制，鼓励甚至促使犯罪嫌疑人、被告人如实陈述，因而实践中，实际保持沉默的犯罪嫌疑人、被告人的比率并不高，通常不超过10%。因而某种程度上可以说，从西方国家来看，沉默权对保护被害人的权利几乎没有产生不利影响，因为在我国，尽管按照立法规定，犯罪嫌疑人、被告人不享有沉默权，但司法实践中，一般也有与西方国家几乎相同比率的犯罪嫌疑人、被告人拒绝陈述或拒绝承认自己有罪。
(二)本次修改刑事诉讼法非常关注对被害人权利的保护，在强化对犯罪嫌疑人、被告人权利保障的同时也从诸多方面强化对被害人权利的保护我国立法机关一直非常关注对被害人权利的保护。
1996年修正的刑事诉讼法将被害人由其他诉讼参与人提升为当事人，并赋予其除上诉权外当事人几乎所有权利，这在当今世界各国是非常罕见的。本次修改刑事诉讼法立法机关也非常关注对被害人权利的保护。从人大法工委证据立法以及修改刑事诉讼法的几个讨论稿来看，强化对被害人权利的保护一直是立法机关追求的一项重要目标。
譬如，2006年12月底人大法工委的《刑事诉讼法修改方案(征求意见稿)》规定设立附条件不起诉制度，并将“向被害人赔礼道歉或者赔偿损失，得到被害人谅解”规定为适用附条件不起诉的一种重要情形。不仅如此，《征求意见稿》还将“履行与被害人之间达成的谅解协议”规定为被作出附条件不起诉的人在考验期间必须履行的一项重要义务，并规定不履行这一义务将导致检察机关撤销附条件不起诉的法律后果。这些规定对于促使犯罪嫌疑人积极主动地向被害人赔礼道歉，并赔偿被害人遭受的物质甚至精神损失无疑具有非常重要的意义。
再如，由于按照我国现行刑事诉讼法的规定，当事人包括被害人都无权独立启动鉴定程序，这在实践中对于保护被害人的权利非常不利，[13]因而人大法工委2001年11月30日的《刑事证据法征求意见稿》以及2002年6月25日的《关于刑事证据问题讨论稿》都规定，在刑事诉讼中，不仅公安司法机关有权启动鉴定程序，当事人包括被害人也有权委托鉴定人进行鉴定，这对于保护被害人的权利无疑具有极为重要的意义。然而，由于实务部门的强力反对，2006年12月底的《征求意见稿》删除了当事人有权委托鉴定的规定，仅规定：“自诉案件的当事人可以委托有专门知识的人进行鉴定。”尽管与2001年的《征求意见稿》和2002年的《讨论稿》相比，2006年的《征求意见稿》取消了当事人有权委托鉴定的规定，这是一种重大倒退，但相较于现行刑事诉讼法的规定，该《征求意见稿》规定自诉案件当事人，包括自诉案件被害人有权委托鉴定，这对于保护被害人的权利无疑具有一定的积极意义。
