然而，另一方面，在制度剩余的同时，民间组织的管理又存在着许多“真空”地带，主要体现在三个方面。其一是缺乏管理民间组织的一般性法律。目前管理民间组织所依据的主要是国务院的几个《条例》，它们是法规而不是正式的国家法律。仅有的几个涉及民间组织管理的正式法律，如《工会法》等，也多半是专门法，中国至今没有一部管理民间组织的“母法”。其二是缺乏针对性和操作性的法规。例如，缺乏针对行业协会、专业性社团、学术性社团和联合性社团以及志愿者工作的分门别类的管理法规。其三是现行的一些管理条例在实际生活中已经较难适用。有学者认为，相当一部分民间组织的管理条例“内容复杂，透明度低，了解困难”、“技术细节粗糙，内容笼统模糊，适用困难”①。「朱晓明：《中国民间组织生存发展的法律环境研究》，《浙江社会科学》2004年第3期，第204-225页。」
制度匮乏在现实生活中，往往使不少民间组织无所适从，甚至中央政府倡导的民间组织也不例外。例如，中央近年来特别鼓励农民专业经济合作组织，但在全国许多地方，它同样遭到了制度的尴尬。由于法律地位不明确，导致农民专业合作社在发展过程中遇到了一系列法制、税收、体制等环境制约因素。合作社究竟是企业法人、社团法人、还是合作社法人，缺乏明确的法律界定。以浙江温岭为例，该市的农民专业合作社是参照股份合作企业进行注册登记的，属于企业法人，因而税务机关、金融机构必须按照股份合作企业进行征税、贷款；然而同时，《浙江省农民专业合作社条例》第十九条又规定，合作社销售社员生产和初加工的农产品，视同农户自产自销。农民生产的初级农产品自行销售，毋需征税，而把农产品委托给合作社进行销售，就要按规定纳税。再比如融资困难的问题。农民合作经济组织在工商登记为法人，而银行又不承认其法人地位，不予贷款；即使要贷款，也只能以社员个人名义，并以个人资产抵押才能贷款。这无疑不利于农民专业合作社向规范化方向发展。
6.现实空间与制度空间
制度空间（Instit utional space ）要远远小于实际空间（Act ual space ），这是中国公民社会制度环境的又一大特色。这里所说的“制度空间”，就是按照民间组织管理法规合法存在的空间；“实际空间”即是民间组织现实的存在空间。公民社会的实际空间大于其制度空间的一个典型例证，就是实际存在的民间组织的数量，要远远多于政府主管部门正式登记在册的数量。中国政府主管民间组织的登记管理机关在今年三月底公布了一组数据：经过四级民政部门登记注册的社会团体共1419万家，民办非企业单位共1312万家，基金会共994家，合计一共是2812万家。
但是，除此以外，学者们（如王名在“第17届霍普金斯全球公益学者会议”上发言）估计还存在大量没有按照政府要求进行民间组织登记注册的N GO，其中包括在工商注册的非营利组织，城市社区基层组织，农村社区的公益和互助组织，农民经济合作组织，城乡宗教社团，海外在华的资助和项目组织，海外在华的商会和行业协会等等，它们的详细数据由于没有确切的统计和登记而无法获得，保守的估计大约有200万-270万家。又据民政部举行的“全国发展农村专业经济协会会议”透露，截至2004年，全国已建立农村专业经济协会十万余个，而在各级民政部门登记注册的只有一万余个，仅占总数的十分之一。清华大学的一项研究成果表明，在“合法登记的”民间组织之外，中国目前至少还存在着以下十类“法外”民间组织：（1）工商注册的非营利组织；（2）城市社区基层组织；（3）单位挂靠社团；（4）农村社区发展组织；（5）农民经济合作组织；（6）农村社区的其他公益或互助组织；（7）海外在华资助组织；（8）海外在华项目组织；（9）海外在华商会、行业协会；（10）宗教社团①。「王名：《清华N GO研究丛书》“绪言”，清华大学出版社，2005年。」
一个有趣的现象是，中国公民社会的制度空间随着其“合法性”标准的不同而极不相同。
相对说来，严格按照三个《条例》经民政部门登记成立的民间组织，其制度空间最小；无需民政部门登记，但也被政府视为合法的那些民间组织则拥有更大的制度空间。后一种也同样视为“合法”的民间组织主要有两类。一类是中共中央、国务院或民政部明文规定无需审批登记的民间组织。例如，民政部《关于对部分团体免予社团登记有关问题的通知》明确规定以下三类民间团体免予登记：（1）参加中国人民政治协商会议的人民团体；（2）由国务院机构编制管理机关核定并经国务院批准免予登记的团体，这些团体通常为各种事业单位；（3）机关、团体、企业事业单位内部经本单位批准成立、在本单位内部活动的团体②。「民政部：《关于对部分团体免予社团登记有关问题的通知》，民发[2000]256号，2000年12月。」另一类是各级党委和政府根据上级指示或工作需要鼓励成立的各类民间组织，如广大农村中存在的众多的农民经济合作组织。
没有任何正式法律规章规定这类组织有免予审批登记的特权，但因为这些组织是按照党政领导部门的要求成立的，所以，即使未经民政部门审批登记，它们也往往被视为“合法的”组织。
