显然，构建环境公益诉讼制度的核心在于适格原告的选择。认为检察机关是最恰当的诉讼主体的观点表面看来有些道理：检察机关是宪法和法律赋权的公诉机关，环境公益诉讼当然应该由检察机关提出。环境公益诉讼应当由检察机关提起这种主张虽然注意到了检察机关的职责，但在相当程度上却忽视了通过诉讼手段维护环境公共利益的特殊性。环境公益诉讼显然不是刑事诉讼，它不是国家追究和惩罚犯罪的基本诉讼途径，而是国家以排除环境危害和赔偿环境损害所带来或可能带来的环境损害为基本诉求，主要是通过追究环境污染或破坏责任人的民事责任来实现对环境社会利益的保护和救济的一种专门诉讼。莫诺·卡佩莱蒂教授认为，司法长官或检察官可能在环境公益诉讼中起不到什么作用，为保护环境及“扩散性片段利监”，他倾向于创立专门的政府机关，这些政府机关都有资格提起禁止命令，有时也可提起损害赔偿。[14]笔者以为，检察机关并不是提起环境公益诉讼的最佳主体，理由如下：(1)根据我国宪法和法律的规定，代表环境公共利益的国家机关并非检察机关。例如，《中华人民共和国宪法》第11条规定：“国家保护环境和自然资源，防治污染和其他公害”。《中华人民共和国环境保护法》第26—28条明确规定国家环境保护的代表是环境保护行政主管部门，资源管理的代表是法律授权的代表国家行使国家所有权的机关。[15]因而，对于侵害公众或国家环境资源权益的行为，环境保护机关应当以公众受托人或国家环境资源所有权代表人的身份提起公益诉讼，这也是环境保护机关履行环境保护职责的重要形式之一。(2)环境公益诉讼的性质和内容与检察机关的性质和任务不相符合。根据宪法和法律规定，我国的检察机关作为司法机关，主要负刑事公诉之责；作为法律监督机关，其主要职能是对其他司法机关适用法律的行为和行政机关的执法行为进行监督。由此可见，我国现行法律并没有赋予检察机关对个人、企业提起公益诉讼的权力。如果由检察机关包揽公益损害时的保护之责，绕开现行法律已经设定的由各个相应的管理机关执行法律的体制而直接对应私人，不仅有越俎代庖之嫌，而且还会造成权力体系的混乱。(3)检察机关不具备提起环境公益诉讼的专业知识与能力。环境纠纷中包含了大量的科技因素，需要采用专门的证据收集方法和技术手段，而这正是检察机关所欠缺的。与检察机关相比，环境保护机关更为适合提起环境公益诉讼。并且，环境纠纷所涉及的科学不确定性问题需要环境保护方面的政策性判断。检察机关在这方面与环境保护机关相比同样不够专业。简言之，环境纠纷解决的专业性决定了检察机关并非提起环境公益诉讼的最佳主体。
由于社会分工的细化，更由于新型社会利益的扩散性和技术性，现代国家都不再将公诉权限于检察机关。例如，美国联邦交易委员会、英国公平交易局等机构都曾代表社会公众提起诉讼。[16]具体到环境保护领域，美国环境保护局、州政府可以将那些违反者作为被告，向联邦地方法院提起要求法院作出禁止命令、要求责任者支付民事制裁金的诉讼；[17]英国也建立了由公共卫生监察员代表公众进行群体诉讼的制度。这些实践表明，环境保护机关作为环境公益诉讼的原告具有可行性，更重要的是，它符合环境公益保护及时性和预防性的要求。
